publication . Other literature type . 2013

Systèmes d'Information Scientifique : des modèles conceptuels aux annotations sémantiques Application au domaine de l'archéologie et des sciences du vivant

Savonnet, Marinette;
Open Access French
  • Published: 12 Sep 2013
  • Publisher: HAL CCSD
  • Country: France
Abstract
Les Systèmes d'Information Scientifique (SIS) sont des Systèmes d'Information (SI) dont le but est de produire de la connaissance et non pas de gérer ou contrôler une activité de production de biens ou de services comme les SI d'entreprise. Les SIS se caractérisent par des domaines de recherche fortement collaboratifs impliquant des équipes pluridisciplinaires et le plus souvent géographiquement éloignées, ils manipulent des données aux structures très variables dans le temps qui vont au-delà de la simple hétérogénéité : nuages de points issus de scanner 3D, modèles numériques de terrain, cartographie, publications, données issues de spectromètre de masse ou de ...
Subjects
free text keywords: Systèmes d'Information Scientifique, annotation sémantique, modélisation, ontologie, application archéologique, application protéomique, [INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB]
Related Organizations

1 Systèmes d'Information Scientifique 1 1.1 Systèmes d'Information Scientifique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.1.1 Bases de Données scientifiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.1.2 Workflow scientifique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.1.3 Spécificités des données scientifiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.2 Défis auxquels nous répondons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.3 Une approche basée sur un modèle formel d'annotation . . . . . . . . . . . . . . 5 1.3.1 Stockage multi-paradigmes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 1.3.2 Représentation multi-paradigmes des connaissances . . . . . . . . . . . 8 1.4 Mise en oeuvre de l'approche dans une démarche de construction de plate-forme 10

3 Annotations sémantiques 49 3.1 Modèles d'annotation existants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 3.2 Stockage des annotations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 3.2.1 Bases de Données annotées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 3.2.2 Approches NoSQL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 3.3 Définition et sémantique de notre modèle d'annotation . . . . . . . . . . . . . . 53 3.4 Sémantique du processus d'annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 3.5 Mise en oeuvre des annotations dans deux domaines . . . . . . . . . . . . . . . . 57 3.5.1 Annotations dans WikiBridge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 3.5.2 Annotations dans eClims . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61 3.6 Conclusion & discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

5 LIMS en protéomique clinique 89 5.1 Un LIMS comme support du Système d'Information des plate-formes de protéomique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 5.1.1 Caractéristiques essentielles des LIMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 5.1.2 Les LIMS en protéomique clinique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 5.2 Une solution modulaire de LIMS en protéomique clinique . . . . . . . . . . . . 91 5.3 eClims : qualité des données biomédicales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 5.3.1 Exigences auxquelles répond eClims . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 5.3.2 Architecture de eClims . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 5.4 Processus d'importation des données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 5.5 Traitement de la variabilité de la structure de données . . . . . . . . . . . . . . 97 5.6 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

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