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Les Systèmes d'Information Scientifique (SIS) sont des Systèmes d'Information (SI) dont le but est de produire de la connaissance et non pas de gérer ou contrôler une activité de production de biens ou de services comme les SI d'entreprise. Les SIS se caractérisent par des domaines de recherche fortement collaboratifs impliquant des équipes pluridisciplinaires et le plus souvent géographiquement éloignées, ils manipulent des données aux structures très variables dans le temps qui vont au-delà de la simple hétérogénéité : nuages de points issus de scanner 3D, modèles numériques de terrain, cartographie, publications, données issues de spectromètre de masse ou de technique de thermoluminescence, données attributaires en très grand volume, etc. Ainsi, contrairement aux bases de données d'entreprise qui sont modélisées avec des structures établies par l'activité qu'elles supportent, les données scientifiques ne peuvent pas se contenter de schémas de données pré-definis puisque la structure des données évolue rapidement de concert avec l'évolution de la connaissance. La gestion de données scientifiques nécessite une architecture de SIS ayant un niveau d'extensibilité plus élevé que dans un SI d'entreprise. Afin de supporter l'extensibilité tout en contrôlant la qualité des données mais aussi l'interopérabilité, nous proposons une architecture de SIS reposant sur : - des données référentielles fortement structurées, identifiables lors de la phase d'analyse et amenées à évoluer rarement ; - des données complémentaires multi-modèles (matricielles, cartographiques, nuages de points 3D, documentaires, etc.). Pour établir les liens entre les données complémentaires et les données référentielles, nous avons utilisé un unique paradigme, l'annotation sémantique. Nous avons proposé un modèle formel d'annotation à base ontologique pour construire des annotations sémantiques dont la cohérence et la consistance peuvent être contrôlées par une ontologie et des règles. Dans ce cadre, les annotations offrent ainsi une contextualisation des données qui permet de vérifier leur cohérence, par rapport à la connaissance du domaine. Nous avons dressé les grandes lignes d'une sémantique du processus d'annotation par analogie avec la sémantique des langages de programmation. Nous avons validé notre proposition, à travers deux collaborations pluridisciplinaires : - le projet ANR CARE (Corpus Architecturae Religiosae Europeae - IV-X saec. ANR-07- CORP-011) dans le domaine de l'archéologie. Son objectif était de développer un corpus numérique de documents multimédia sur l'évolution des monuments religieux du IVe au XIe siècle (http://care.tge-adonis.fr). Un assistant d'annotation a été développé pour assurer la qualité des annotations par rapport à la connaissance représentée dans l'ontologie. Ce projet a donné lieu au développement d'une extension sémantique pour MediaWiki ; - le projet eClims dans le domaine de la protéomique clinique. eClims est un composant clinique d'un LIMS (Laboratory Information Management System) développé pour la plate-forme de protéomique CLIPP. eClims met en oeuvre un outil d'intégration basé sur le couplage entre des modèles représentant les sources et le système protéomique, et des ontologies utilisées comme médiatrices entre ces derniers. Les différents contrôles que nous mettons en place garantissent la validité des domaines de valeurs, la complétude, la consistance des données et leur cohérence. Le stockage des annotations est assuré par une Base de Données orientées colonnes associée à une Base de Données relationnelles.

International audience; Le web sémantique et l'ouverture des données (publications, archives, référentiels) dans les sciences humaines et sociales (SHS) ont permis la création outils de recherche nouveaux permettant à la fois de créer des portails documentaires (autour de moteurs de recherche sémantiques) et des applications pouvant être embarquées dans des sites web. ISIDORE, l'accès unifié aux données, publications et informations des SHS entre dans cette catégorie. Lancé en 2010 par le CNRS et actuellement développé par Huma-Num, ISIDORE propose, outre un moteur de recherche sur le web, une collection d'applications permettant de l'utiliser de façon « embarqué » pour des usages aux plus près des besoins des enseignants-chercheurs et des étudiants.

National audience; Notre enquête porte sur le centre national de recherche zootechnique de l’Inra à Jouy-en-Josas (CNRZ), le berceau de la recherche sur les productions animales. Ouvert en 1950 avec pour enjeu de recherche la modernisation de l’élevage français, le domaine agricole de Vilvert fut quasiment déserté dans les années 1970 suite à une vague de décentralisation imposée par l’Etat. Lorsqu’en 1980 l’Inra se lance dans les biotechnologies, Le centre de recherche de Jouy-en-Josas en devient le fer de lance. Il est aussi entraîné dans le mouvement de polarisation de la recherche au sein de la Région Ile-de France et plus tard, de l’Université Paris-Saclay. Bien qu’il ne porte plus l’épithète « national », le Campus de Vilvert conserve une haute valeur symbolique pour l’institution du fait de sa situation métropolitaine et de son envergure internationale. En abordant le Campus de l’Inra de Jouy-en-Josas comme un paysage socio-technique qui rend visible l’histoire du champ scientifique des productions animales, nous étudions l’inscription de cet objet dans l’espace géographique à travers des cartes que nous mettons en parallèle avec l’évolution des territoires scientifiques. Dans l’espace scientifique, les champs thématiques se situent à la frontière des sciences de l’animal, de l’alimentation et des microbes. Nous avons cherché à cartographier les réseaux de collaboration scientifique à travers une analyse lexicométrique des productions scientifiques. Nous postulons que les changements dans la gestion du territoire physique traduisent les dynamiques sociales, épistémiques et politiques d’un champ de recherche autant qu’ils les modèlent. Ce travail contribue à l’étude des changements induits par le passage d’un régime de production des connaissances qualifié de colbertiste très lié aux filières de l’élevage à un régime de capitalisme académique voué aux biotechnologies (Bonneuil et Thomas, 2009) et comment ils s’inscrivent dans les matérialités. Cette notion de régime permet d’appréhender comment s’articule un ensemble non homogène mais néanmoins coordonné de discours, de pratiques, de productions (écrits, techniques, standards, procédures), de valeurs et de normes (épistémologiques, morales et sociales) dans et hors du monde de la recherche. Au niveau géographique, les bâtiments d’élevage sont déconstruits pour libérer de la surface au profit de laboratoires de biologie moléculaire. Ces agencements sont contemporains de transformations dans les cultures épistémiques des chercheurs. Dans la période antérieure, il s’agissait plutôt d’agronomes souvent plus enclins à transférer les connaissances à la profession qu’à rédiger des articles pour des revues scientifiques. La révolution « biotech » voit arriver de jeunes universitaires tandis que l’institution incite ses chercheurs à l’excellence scientifique, ce qui se traduit par des publications dans des revues internationales. Parallèlement à ces dynamiques globales, le périmètre du Campus s’étend par le fait des alliances institutionnelles locales. L’analyse lexicométrique des productions scientifiques montre que les coopérations de proximité (entendu comme géographique et disciplinaire) sont les plus fréquentes. Ces transformations sociales, organisationnelles et techniques préexistent à la promesse scientifique consistant à mettre en avant la biologie intégrative pour affirmer la possibilité de concevoir un animal en fonction de finalités prescrites par des enjeux d’innovation et de durabilité

International audience; Cette publication des Dossiers d’HEL, supplément électronique à la revue HEL, comporte huit articles issus des communications du colloque SHESL-HTL 2015 « Corpus et constitution des savoirs linguistiques ». Ce colloque a eu lieu les 30 et 31 janvier 2015 à Paris et a été co-organisé par la SHESL, le laboratoire d’Histoire des Théories Linguistiques (UMR 7597) et le Laboratoire Ligérien de Linguistique (UMR 7270), sous la direction de Gabriel Bergounioux, Bernard Colombat et Jacqueline Léon (cf. l’appel à colloque et le programme [http://www.shesl.org/spip.php?rubrique76]). Une autre partie des communications a fait l’objet d’une publication dans le numéro XXXVIII/2 d’Histoire Épistémologie Langage, « Corpus et constitution des savoirs linguistiques et pérennisation des données » (décembre 2016). Nous en donnons la liste à la fin de cette présentation.

International audience; Avec la mise en place de grandes infrastructures de recherche en sciences du patrimoine comme E-RIHS, on rassemble des acteurs divers, issus à la fois des sciences humaines et sociales et des sciences expérimentales. Le paléontologue croise l'historien de l'art, et lephysicien collabore avec le restaurateur.Dans ce cadre, la gestion des données de la recherche est un véritable défi, car elle doit rassembler, valoriser et rendre accessibles des données produites par des protagonistes très différents, utilisant des méthodes elles aussi très différentes. Comment en effet gérer et échanger à la fois des données d'expériences, des images numérisées et des rapports de restauration ?Le cycle de vie des données de la recherche, de leur création à leur diffusion en passant par leur analyse, au sein de cette communauté interdisciplinaire interroge la définition même de ce type de données, et nous amène à questionner les pratiques autour de celles-ci.

International audience; En guise de postface, il nous a semblé nécessaire de revenir sur le processus collaboratif de la fabrication de cet ouvrage et de vous confier la genèse de ce projet. Tout est parti d'un constat pragmatique, de nos situations quotidiennes de travail : le/la chercheur·e qui produit ou utilise des données a besoin de réponses concrètes aux questions auxquelles il/elle est confronté·e sur son terrain comme lors de tous ses travaux de recherche. Produire, exploiter, diffuser, partager ou éditer des sources numériques fait aujourd'hui partie de notre travail ordinaire. La rupture apportée par le développement du web et l'arrivée du format numérique ont largement facilité la diffusion et le partage des ressources (documentaires, textuelles, photographiques, sonores ou audiovisuelles...) dans le monde de la recherche et, au-delà, auprès des citoyens de plus en plus curieux et intéressés par les documents produits par les scientifiques.

International audience

Ce rapport résume l'analyse statistique des résultats d'une enquête en ligne, conduite par l'Observatoire des Pratiques et Méthodes Numériques (DiMPO), un groupe de travail du VCC2 de l'infrastructure de recherche DARIAH (Digital Research Infrastructure for the Arts and Humanities).Afin de fournir un tableau basé sur des faits, mis à jour et signifiant, des pratiques, besoins et réflexes des chercheurs en sciences humaines au sein d'un monde académique numérique et européen en pleine évolution, l'enquête en ligne a impliqué une équipe trans-nationale de chercheurs de plus d'une douzaine de pays, et s'est intéressées aux pratiques, réflexes et demandes de la recherche numérique dans toutes les régions de l'Europe, et à travers différents contextes et disciplines en sciences humaines.

International audience; A la distinction traditionnelle entre transcription (traduction généralement alphabétique d'une donnée langagière orale) et annotation (enrichissement par un système de marques du texte obtenu par transcription), cet article substitue une prise en compte de la transcription comme première annotation, que ce soit dans les choix qui sont faits pour l'écriture des mots, leur séparation, l'usage de la ponctuation et des majuscules etc.