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  • COVID-19
  • 2021-2021
  • Doctoral thesis
  • Hal-Diderot

Relevance
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  • Authors: Montariol, Syrielle;

    In this thesis, we study lexical semantic change: temporal variations in the use and meaning of words, also called extit{diachrony}. These changes are carried by the way people use words, and mirror the evolution of various aspects of society such as its technological and cultural environment.We explore, compare and evaluate methods to build time-varying embeddings from a corpus in order to analyse language evolution.We focus on contextualised word embeddings using pre-trained language models such as BERT. We propose several approaches to extract and aggregate the contextualised representations of words over time, and quantify their level of semantic change.In particular, we address the practical aspect of these systems: the scalability of our approaches, with a view to applying them to large corpora or large vocabularies; their interpretability, by disambiguating the different uses of a word over time; and their applicability to concrete issues, for documents related to COVID19We evaluate the efficiency of these methods quantitatively using several annotated corpora, and qualitatively by linking the detected semantic variations with real-life events and numerical data.Finally, we extend the task of semantic change detection beyond the temporal dimension. We adapt it to a bilingual setting, to study the joint evolution of a word and its translation in two corpora of different languages; and to a synchronic frame, to detect semantic variations across different sources or communities on top of the temporal variation.; Dans cette thèse, nous étudions les changements lexico-sémantiques : les variations temporelles dans l'usage et la signification des mots, également appelé extit{diachronie}. Ces changements reflètent l'évolution de divers aspects de la société tels que l'environnement technologique et culturel.Nous explorons et évaluons des méthodes de construction de plongements lexicaux variant dans le temps afin d'analyser l'évolution du language. Nous utilisont notamment des plongements contextualisés à partir de modèles de langue pré-entraînés tels que BERT.Nous proposons plusieurs approches pour extraire et agréger les représentations contextualisées des mots dans le temps, et quantifier leur degré de changement sémantique. En particulier, nous abordons l'aspect pratique de ces systèmes: le passage à l'échelle de nos approches, en vue de les appliquer à de grands corpus ou de larges vocabulaire; leur interprétabilité, en désambiguïsant les différents usages d'un mot au cours du temps; et leur applicabilité à des problématiques concrètes, pour des documents liés au COVID19 et des corpus du domaine financier. Nous évaluons l'efficacité de ces méthodes de manière quantitative, en utilisant plusieurs corpus annotés, et de manière qualitative, en liant les variations détectées dans des corpus avec des événements de la vie réelle et des données numériques.Enfin, nous étendons la tâche de détection de changements sémantiques au-delà de la dimension temporelle. Nous l'adaptons à un cadre bilingue, pour étudier l'évolution conjointe d'un mot et sa traduction dans deux corpus de langues différentes; et à un cadre synchronique, pour détecter des variations sémantiques entre différentes sources ou communautés en plus de la variation temporelle.

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    Authors: Giraudeau, Philippe;

    Le numérique fait désormais partie intégrante du quotidien en s’immisçant progressivement dans toute les activités de notre société. Nous l’utilisons pour réaliser des tâches courantes comme découvrir, comprendre et apprendre. Des approches basées sur la manipulation physique et les activités de groupe ont la capacité à faciliter ce genre d’activité. Cependant, les dispositifs numériques traditionnels s’appuyant sur des interfaces utilisant écrans, claviers et souris sont limités dans ce type d’approche. Dans cette thèse, nous proposons d’utiliser de nouveaux paradigmes d’interaction avec le numérique, basés notamment sur la réalité augmentée et les interactions tangibles, afin de créer des environnements mixtes où le monde physique sert de support au monde virtuel. Si ces paradigmes existent depuis aux moins deux décennies, ils sont encore peu répandus au sein de notre société et difficilement accessibles hors de cas d’usage très spécifiques. Dans un premier temps, nous avons conçu et évalué des environnements physico-numériques qui mélangent des objets physiques présents en salle de classe tels que du papier, des crayons et des livres, avec des éléments numériques projetés (images, sons vidéos), au sein d’un même espace de travail. Ainsi, les élèves peuvent travailler de façon active et collective,comme ils le feraient dans un espace purement physique, tout en bénéficiant des possibilités offertes par le numérique. Dans un deuxième temps, nous avons exploré l’utilisation des interactions tangibles et de la réalité augmentée pour aider les utilisateurs à prendre conscience de leur consommation énergétique, et à optimiser la disposition et la circulation des personnes au sein de bâtiments publics, pour lutter contre l’épidémie de coronavirus. Digital technology is now an integral part of our daily lives.We use it to perform everyday tasks such as discovering, understanding and learning. Approaches based on physical manipulation and group activities have the capacity to facilitate such activities. However, traditional digital devices relying on interfaces using screens, keyboards and mice are limited in this type of approach. In this thesis, we propose to use new interaction paradigms with the digital world, based on augmented reality and tangible interactions, in order to create mixed environments where the physical world serves as a support to the virtual world. Although these paradigms have existed for at least two decades, they are still not widely used in our society and are difficult to access outside of very specific use cases. During this PhD, we have designed and evaluated environments that mix physical objects in the classroom such as paper, pencils and books, with projected digital elements (images, sounds, videos), within the same workspace. Thus, students can work actively and collectively, as they would in a purely physical space, while benefiting from the possibilities offered by digital technology. In a second step, we explored the use of tangible interactions and augmented reality to help users become aware of their energy consumption, and to optimize the layout and circulation of people within public buildings, to fight against the coronavirus epidemic.

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    Other literature type . 2021
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    Authors: Giraldo Soto, Catalina;

    [ES]Aunque la eficiencia energética de los edificios ha mejorado durante los últimos años, todavía se encuentra una importante "brecha de rendimiento" entre su diseño y el consumo real de energía. Esta brecha de rendimiento tiene tres fuentes principales: el comportamiento del usuario del edificio, el rendimiento real de los sistemas del edificio y el rendimiento energético real de la envoltura del edificio. Los resultados de la tesis tienen como objetivo avanzar en la fiabilidad de la comprensión y la cuantificación de la brecha de rendimiento debido al rendimiento energético en uso de la envoltura del edificio. El valor del Coeficiente de Pérdida de Calor de Diseño (HLC) de la envolvente del edificio suele estar disponible en los Certificados de Rendimiento Energético para los edificios nuevos o reformados, pero todavía existen problemas de fiabilidad en los métodos que permiten estimar el HLC de los edificios en uso. La HLC es la pérdida total de calor de un edificio que resulta de la transferencia de calor a través de la envolvente (UA) y de la infiltración y/o ventilación (Cv) por °C de diferencia de temperatura entre el interior y el exterior en W/°C.La tesis comienza analizando y presentando en detalle dos métodos para la estimación de la HLC. El conocido Método de Co-calentamiento, que está cerca de ser un estándar para medir la HLC de las envolventes de edificios desocupados. Mientras que el Método de Promedio permite la estimación de la HLC de las envolventes de edificios en uso. El Método de Promedio se basa principalmente en los ya extendidos sistemas de monitorización de edificios donde se miden los parámetros asociados al confort interior y calidad del aire, consumos de energía de los sistemas de edificios y datos meteorológicos. Además, utilizando CO2 antropogénico, como gas trazador, y los datos de monitorización del sistema de ventilación, se expone el método para la estimación de Cv. De esta forma, el la estimación del HLC de la envolvente del edificio en uso HLC, podría ser desacoplada por una simple sustracción HLC = UA + Cv .El objetivo general de este proyecto de tesis doctoral es avanzar en la fiabilidad y optimización de los Sistemas de Monitorización y Control para la estimación y el desacoplamiento del HLC, para en el futuro, poder definir un mínimo Kit de Monitorización energético para edificios residenciales o terciarios. Estos Kits de Monitorización deben ser lo más discretos posible y deben permitir monitorizar de forma fiable la mínima cantidad de datos que, junto con un análisis correcto, deben permitir caracterizar el comportamiento real de la envolvente del edificio. Así pues, después de presentar los métodos existentes para estimar y desacoplar de HLC en uso, se realiza el análisis del estado del arte sobre el uso los Sistemas de Monitorización y Control para la caracterización energética de la envolvente de los edificios en uso. Gracias a este análisis sobre los Sistemas de Monitorización y Control, se ha comprobado que, en la bibliografía existente, la incertidumbre general de la temperatura interior y exterior (cuando se presenta) se considera siempre como la precisión del fabricante. Utilizar sólo la precisión del fabricante como la incertidumbre global para estas dos importantes mediciones, que son necesarias para la estimación de las HLC de edificios en uso, podría conducir a una fuerte subestimación de su incertidumbre real y esta subestimación se propagaría en el valor estimado del HLC. Para analizar en profundidad este tema, que podría generar serios problemas de fiabilidad en los valores HLC, se ha diseñado e implementado unos sistemas de monitorización tridimensional en las oficinas de un edificio terciario. Para analizar la incertidumbre general de la medición de la temperatura del aire interior, se han monitorizado cuatro zonas térmicas del edificio terciario con un enfoque tridimensional. Para analizar la incertidumbre general de la medición de la temperatura del aire exterior, también se ha aplicado un enfoque de monitorización tridimensional alrededor de la envolvente del edificio.Los resultados de este análisis han permitido identificar la mejor ubicación de los sensores de temperatura interior y exterior en el edificio monitorizado. Igualmente, se han analizado las discrepancias entre el valor de la precisión del sensor dado por el fabricante y el valor experimental de la precisión del sensor más el sistema de Monitorización y Control. En este análisis se encuentra la principal contribución de esta tesis: donde se ha desarrollado una metodología para cuantificar de la incertidumbre global de medida de variables intensivas en los edificios en uso, como lo son la temperatura del aire interior y la temperatura del aire exterior. Esta metodología no sólo permite obtener el valor global de la incertidumbre de las medidas (denominada Incertidumbre de Medida), la cual contiene todas las fuentes de incertidumbre, sino que también permite desacoplar dicha incertidumbre en de la incertidumbre asociada a los errores aleatorios y los errores sistemáticos. Este desacoplamiento separa el valor de la varianza asociada a la incertidumbre global (Incertidumbre de Medida) en la suma de dos varianzas, una asociada a los errores sistemáticos (denominada en el estudio, Incertidumbre Medición del Sensor) y otra asociada a los errores aleatorios (denominada en el estudio, Incertidumbre Espacial de Medida).Por otro lado, a partir del análisis del Método de Co-Heating y del Método Promedio para estimar el HLC, se ha diseñado e implementado un sistema de Sistema de Monitorización y Control extremadamente detallado en un edificio residencial. El objetivo de este sistema de monitorización es poder analizar cuál es el conjunto mínimo de sensores necesarios para estimar y desacoplar los valores del HLC de un edificio en uso con una fiabilidad suficiente. Los sensores seleccionados tienen la mayor precisión posible que se podría encontrar para la aplicación en el sector de la construcción. También se incluye un análisis económico detallado para este Sistema de Monitorización y Control. Debido al COVID-19, no ha sido posible obtener suficientes datos de este sistema implementado para realizar el análisis previsto. Aun así, se presentan las directrices sobre cómo analizar los datos de este Sistema de Monitorización y Control para obtener el número mínimo de sensores para la estimación y desacople del HLC en edificios en uso. La cuantificación de la diferencia entre el diseño y los HLC, UA y Cv en uso no sólo es el primer paso para reducir el consumo de energía real de los edificios, sino que podría ser el comienzo de una nueva era para la certificación de edificios en uso, basada en los datos obtenidos del Sistema de Monitorización y Control. 353 p.

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  • Authors: Kundura, Lucy;

    During an infection, the main purpose of the immune response is to eliminate the pathogen. However, this response can have chronic side effects, such as in people living with aviremic HIV on treatment or acute, as in severe forms of COVID-19.People living with HIV-1, despite effective antiretroviral therapy, have more comorbidities compared with the general population. Many of these comorbidities are linked to persistent immune activation. We showed that different immune activation patterns could be identified in these patients, one of which was associated with the presence of microbial translocation and another with residual viremia. We also showed that different immune activation patterns were visible in a cohort of people from the general population and that people with one of these patterns showed signs of insulin resistance and metabolic syndrome.In a context of SARS-COV-2 infection, lymphopenia is observed in some patients. This lymphopenia is a predictor of complications up to admission into intensive care units or death. This lymphopenia seems to occur before the cytokinetic storm and could be one of the causes. We discovered a potential explanation for this lymphopenia: the monocytes of some patients admitted to the hospital produce reactive oxygen derivatives responsible for DNA damage and then apoptosis in circulating lymphocytes. These reactive oxygen derivatives are produced because of stimulation via the AT1R receptor of monocytes by angiotensin II, whose blood concentration is increased probably due to internalization of ACE2, an enzyme capable of cleaving angiotensin II, induced by SARS-COV-2 during cellular entry.Our work allows us to better understand the pathogenic mechanisms due to the immune activation induced by two different viruses and thus opens up therapeutic perspectives.; Lors d’une infection, le but principal de la réponse immunitaire est d’éliminer le pathogène. Cependant cette réponse peut avoir des effets secondaires indésirables chroniques, comme chez les personnes vivant avec le VIH avirémiques sous traitement ou aigües, comme dans les formes graves de COVID-19.Les personnes vivant avec les VIH-1, malgré un traitement antirétroviral efficace, présentent plus de comorbidités que la population générale. Beaucoup de ces comorbidités sont liées à une activation immunitaire persistante. Nous avons montré que différents profils d’activation immunitaire pouvaient être identifiés chez ces patients, dont un était associé à la présence d’une translocation microbienne et un autre à une virémie résiduelle. Nous avons également démontré que des profils différents d’activation immunitaire étaient visibles dans une cohorte de personnes issues de la population générale et que les personnes ayant un de ces profils présentaient des signes de résistance à l’insuline et de syndrome métabolique.Dans un contexte d’infection par le SARS-COV-2, une lymphopénie est observée chez certains patients. Cette lymphopénie est un facteur prédictif de complications entraînant l’admission en soins intensifs, voire la mort. Cette lymphopénie semble survenir avant l’orage cytokinique et pourrait en être une des causes. Nous avons découvert une raison à cette lymphopénie : les monocytes de certains patients admis à l’hôpital produisent des dérivés réactifs de l'oxygène responsables de lésions d’ADN puis d’apoptose dans les lymphocytes circulants. Ces dérivés réactifs de l'oxygène sont produits à cause de la stimulation via le récepteur AT1R des monocytes par l’angiotensine II, dont la concentration sanguine est augmentée probablement du fait de l’internalisation d’ACE2, enzyme capable de cliver l’angiotensine II, induite par le SARS-COV-2 au cours de son entrée cellulaire.Nos travaux permettent de mieux comprendre les mécanismes pathogènes dus à l’activation immunitaire induite par deux virus différents et ouvrent par là des perspectives thérapeutiques.

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  • Authors: Sacré, Margault;

    Blended learning is increasingly prevalent in higher education institutions, and this phenomenon has been further exacerbated by the COVID-19 crisis. However, the predictors of student performance in blended courses are not yet clearly identified. How can we support student achievement when implementing a blended course? This question is studied in this thesis from the perspective of education and training sciences and, to some extent, social psychology. Thus, the ambition of this thesis is to highlight pedagogical components and motivational factors related to students' performance in blended settings, to propose concrete ways of action to educational agents. Through two systematic reviews (chapters 1 and 3) and an empirical study of 538 nursing students (chapter 4) three pedagogical levers were identified: the extensive use of available technologies, the presence of formative feedbacks and the combination of explicit and constructivist approaches. Motivational factors were then questioned and academic self-concept, achievement goals, self-determination theory (Chapter 6) and online participation were used. Three empirical studies (Chapters 7-9) identified two motivational levers: supporting a positive perception of students’ academic competence and engaging the intrinsic and autonomous quality of teaching and learning activities. In addition, the link between performance-approach goals and actual student performance is discussed with respect to the competitive dynamics present in nursing schools. Finally, several practical implications are proposed, perspectives for future work are presented, and an alliance between field and research is sought.; L’enseignement hybride est de plus en plus répandu dans les établissements d’enseignement supérieur et ce phénomène a par ailleurs été exacerbé par la crise pandémique liée au COVID 19. Pourtant, les facteurs prédictifs des performances des étudiants en contexte d’hybridation ne sont pas encore clairement identifiés. Comment soutenir la réussite des étudiants lors de l’élaboration et de l’implémentation d’un dispositif d’enseignement hybride ? Cette question est étudiée dans cette thèse d’un point de vue des sciences de l’éducation et de la formation et, dans une certaine mesure, de la psychologie sociale. Ainsi, l’ambition de ce travail de thèse est de mettre en évidence des composantes pédagogiques et des facteurs motivationnels en lien avec les performances des étudiants dans des dispositifs hybrides, de sorte à proposer des leviers d’action concrets aux acteurs de l’éducation. Les résultats de deux revues systématiques (chapitres 1 et 3) et d’une étude empirique auprès de 538 étudiants (chapitre 4) en soins infirmiers ont permis l’identification de trois leviers pédagogiques : l'exploitation poussée des technologies mises à disposition, la présence de feedbacks formatifs et la combinaison entre approches explicites et constructivistes. Cette thèse a ensuite questionné les facteurs motivationnels et, à cet effet, le concept de soi académique, les buts d’accomplissement, la théorie de l’autodétermination (chapitre 6) et la participation en ligne ont été invoqués. Trois études empiriques (chapitres 7 à 9) ont permis de relever deux leviers motivationnels : le soutien à une perception positive de ses compétences académiques et la mobilisation du caractère intrinsèque et autonome des activités d'enseignement et d'apprentissage. De plus, le lien entre les buts de performance-approche et les performances effectives des étudiants est discuté au regard de la dynamique compétitive présente en Institut de Formation en Soins Infirmiers. Enfin, cette thèse propose plusieurs implications pratiques, présente des pistes de futurs travaux et sollicite une alliance entre le terrain et la recherche.

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    Authors: Hautefeuille, Claire;

    75% of infectious diseases in humans are zoonoses, i.e. of animal origin. The current health crisis linked to Covid-19 reminds us of this high risk of emergence of zoonotic diseases. The control of these diseases is therefore a crucial issue to ensure the sanitary safety of human and animal populations in this globalized world. Influenza viruses have been the cause of four major pandemics during the last century. Since 2003, these viruses have led to numerous epizootics that have been catastrophic for poultry farms in many countries. While the role of wild birds is clearly identified in the global spread of these influenza viruses, the movements of birds, humans and equipment within poultry production networks also play a role in this viral spread. Vaccination, coupled with outbreak surveillance and farm biosecurity, can limit the impact and circulation of the disease within a farm and thus within a poultry production network. The vaccination strategies to be implement must take into account the epidemiological context, the structure of the network, the different types of vaccines and the available resources. The objective of this thesis work is to understand the role of human, material and animal movements between farms in the risk of diffusion of AI viruses within poultry production networks and to propose a decision support tool to determine and evaluate vaccination strategies based on these risks and capable of controlling viral diffusion within these networks. To do so, a literature review was first conducted to identify the different existing movements within poultry production networks. This review highlights that the role of these movements are rarely considered on entire production networks. The development of an evaluation tool was based on an existing tool, named EVACS, which is composed of five modules: network analysis, definition of vaccination strategies to be tested, simulation of the immunity level, geographical distribution of this immunity and cost-benefit analysis. During this thesis work, the tool has been expanded with two newly developed modules: a risk assessment module, which informs an epidemiological modelling module to modelise the viral spread within production networks. The tool has been tested on several French poultry sectors to compare strategies based on the use of inactivated vaccines applied on the farm and recombinant vaccines with an application at the hatchery. We found that hatchery vaccination protocols based on a recombinant vaccine are the most efficient for the broiler, laying hen and turkey sectors for the French production network. The risk assessment module allowed us to identify the farms with the highest risk of between farm virus transmissions: in the broiler sector, indoor farms integrated within the same production organization have a higher risk of viral transmission between one another than other types of farms. The epidemiological modelling module, which tests the role of vaccination strategies on viral spread, has shown the role of maternal immunity in limiting viral spread within the French broiler production network. Our work finally confirmed the value of the EVACS tool to evaluate and define in an original and complete way the most appropriate vaccination strategies according to the available resources, the needs of the poultry production networks and the epidemiological contexts. This comprehensive tool is a relevant decision support tool for animal health authorities in their needs to choose the most appropriate and efficient vaccination strategies.; 75% des maladies infectieuses chez l’homme sont des zoonoses, c’est-à-dire d’origine animale. La crise sanitaire actuelle liée à la Covid-19 nous rappelle ce risque élevé d’émergence de maladies zoonotiques ainsi que leur impact parfois majeur. Le contrôle de ces maladies est donc un enjeu crucial pour la sécurité sanitaire des populations humaines et animales dans ce monde globalisé. Les virus influenza ont été à l’origine de quatre pandémies majeures au cours du siècle dernier. A partir de 2003, ces virus ont entrainé un grand nombre d’épizootiques catastrophiques pour les élevages avicoles dans de nombreux pays. Si le rôle des oiseaux sauvages est clairement identifié dans la diffusion mondiale de ces virus influenza, les mobilités humaines, matérielles et animales au sein des réseaux de production avicoles interviennent également dans cette diffusion. La vaccination, couplée à la surveillance des foyers et à la biosécurité des élevages, permet de limiter l’impact et la circulation de la maladie dans un élevage et donc dans un réseau de production avicole. Les stratégies de vaccination à mettre en oeuvre doivent prendre en compte le contexte épidémiologique, la structure du réseau, les différents types de vaccins et les ressources disponibles. L’objectif de ce travail de thèse est de comprendre le rôle des mobilités humaines, matérielles et animales entre les élevages dans le risque de diffusion des virus IA au sein des réseaux de production avicole et de proposer un outil d’aide à la décision pour déterminer et évaluer des stratégies de vaccination basées sur ces risques et capables contrôler la diffusion virale au sein de ces réseaux. Pour ce faire, une revue de la littérature a tout d’abord été réalisée pour identifier les différentes mobilités existantes au sein des réseaux de production avicoles. Cette revue montre que le rôle de ces mobilités est rarement pris en compte sur l’ensemble des réseaux de production. Le développement de l’outil d’évaluation s’est appuyé sur un outil existant, appelé EVACS, composé de cinq modules : analyse de réseau, définition des stratégies de vaccination à tester, simulation du niveau d’immunité, distribution géographique de cette immunité et analyse coût-bénéfice. Au cours de ce travail de thèse, cet outil a été complété par un module d’évaluation des risques informant un module de modélisation épidémiologique de la circulation virale au sein des réseaux de production. L’outil a été testé sur plusieurs filières avicoles françaises afin comparer des stratégies basées sur l’usage de vaccins inactivés appliqués à la ferme et de vaccins recombinants avec une application au couvoir. Nos résultats ont montré qu’en France, les protocoles de vaccination au couvoir basés sur un vaccin recombinant sont les plus efficients pour les filières poulet de chair, poule pondeuse et dinde. Le module d’évaluation des risques a permis de mettre en évidence les élevages qui présentaient le risque de transmission inter-élevages le plus élevé : dans la filière de poulets de chair, les élevages en claustration intégrés au sein de la même organisation de production ont un risque plus élevé de transmission virale entre eux que les autres types d’élevages. Le module de modélisation épidémiologique, qui permet de tester l’impact des stratégies vaccinales sur la diffusion virale, a démontré l’importance de l’immunité maternelle pour limiter efficacement la diffusion virale au sein du réseau de production de poulets de chair français. Nos travaux ont confirmé l’intérêt de l’outil EVACS pour évaluer et définir de manière originale et complète les stratégies de vaccination les plus adaptées selon les ressources disponibles, les besoins des réseaux de production avicole et les contextes épidémiologiques. Cet outil complet constitue un outil d’aide à la décision pertinent pour les gestionnaires de la santé animale dans leurs besoins de choisir des stratégies de vaccination les plus adaptées et les plus efficientes.

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  • Authors: Bannay, Aurélie;

    La disponibilité et le volume des données issues de bases médico-administratives (BMA) en font un outil de plus en plus utilisé en recherche. Cependant, la nature et la finalité financière de ces données rendent nécessaire une adaptation des méthodes d’épidémiologie classique. En effet, la réutilisation de ces données a soulevé des objections qu’il convient de prendre en compte. L’objectif de cette thèse était de montrer quel pouvait être l’apport des données issues de BMA en épidémiologie et en pharmacovigilance. Dans une première partie introductive sur les BMA, nous nous sommes attachés à en rechercher une définition, à illustrer leur périmètre, au travers d’exemples internationaux, et, à décrire le contenu des bases disponibles en France : les données hospitalières (Programme de médicalisation des systèmes d’information, PMSI) et les données de remboursement extra-hospitalières (datamart de consommation inter-régime, DCIR). Dans une deuxième partie, nous avons présenté des travaux méthodologiques prenant en compte les spécificités des données issues des BMA : la définition et l’évaluation d’un score pronostique (score de comorbidités de Charlson) calculé à partir des données disponibles dans les BMA, la gestion des données absentes des BMA. Deux approches ont été explorées : i) le développement d’un proxy appliqué à la notion d’hospitalisation programmée, ii) l’enrichissement de données de BMA par un appariement à des données issues d’un entrepôt de données hospitalières. Dans une troisième partie, nous avons illustré, au travers de cas d’usage, l’intérêt des données médico-administratives en épidémiologie et en pharmacovigilance : une fenêtre d’exposition étendue (recueil de comorbidités maternelles dans les 6 ans précédant une grossesse), un recrutement quasi-exhaustif en particulier dans le cadre de pathologies rares (sujets atteints de MICI et d’un syndrome coronarien), l’accélération du recrutement de sujets et du recueil de données (sujets atteints de COVID-19 pris en charge en réanimation) notamment en situation de crise sanitaire. Nous avons ensuite discuté les limites qui subsistent dans la réutilisation de ces données : leur volumétrie qui peut conduire à une situation de surpuissance statistique, leurs délais d’accès réglementaire et technique, l’investissement nécessaire à la compréhension de ces données, incomplètement mesuré par les utilisateurs de ces données qui n’en sont pas forcément les producteurs. En conclusion, nos travaux ont fait ressortir l’intérêt de la réutilisation des données issues de bases médico- administratives en recherche tout en soulignant les écueils qui pouvaient en résulter. L’intégration et la réutilisation de données multisources en santé permettrait de pallier un certain nombre de ces difficultés. The availability and the volume of data in administrative claims databases could offer a powerful tool for research. However, the origin and the financial purpose of these data require an adaptation of the classical epidemiological approaches. Indeed, the secondary use of these data raises several issues that need to be carefully addressed. The aim of this thesis work was to assess the contribution of claims databases in epidemiology and in pharmacovigilance. The first section discusses the definition of the administrative claims databases and their scope through international examples and then focuses on French claims databases that collect inpatient care data (Programme de médicalisation des systèmes d’information, PMSI) and outpatient care data (datamart de consommation inter-régime, DCIR). The second section discusses methodological issues to take into account the specificities of administrative claims databases: definition and assessment of a prognostic score (Charlson’s comorbidity index) applied to the SNDS database, and the management of missing data. Two approaches were used: i) the development of a proxy applied to the concept of planned hospital stay, and ii) the enhancement of claims data with clinical data from a hospital warehouse. The third section illustrates, through use cases, how claims data could be useful in epidemiology and pharmacovigilance: wide exposure window (maternal comorbidities collected in the 6 years before the conception date), exhaustive recruitment especially for rare pathologies (patients with inflammatory bowel disease and myocardial infarction), and improved screening of eligible patients and data collection especially during a health crisis (patients admitted to the intensive care unit for COVID-19). Finally, the limitations due to the secondary use of these data are discussed: their volume that might lead to statistical overpowered studies, their delayed access due to technical and legal restrictions, the effort required to understand these data that is often underestimated by users who are not always data producers. To conclude, our work highlights the interest of the secondary use of data from claims database in research while underlining the potential pitfalls. The integration and the secondary use of multisource data in healthcare research could solve part of these issues.

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  • Authors: Guseva, Serafima;

    Phase separation is now considered to be one of the hottest topics in biology which might transform our understanding of biology and biomedicine. Despite multiple examples and undoubtable proofs of their existence in cells, the scientific community still discusses whether it is a "Sloppy science or ground-breaking idea”. Phase separation is responsible for the formation of membaneless organelles which are involved in the arrangement of cell content. The cytoplasm and the nucleus are shown to be full of such structures. And even if several process take place in cytoplasms, they can be spatially separated with membaneless organelles. The discovery of biocondensates in the cell can finally answer the fundamental question of how cells organise the necessary molecules at the right place and time to carry out a particular function.The basics of the phase separation phenomena are still not fully understood especially for biological systems. However, the importance of intrinsically disordered proteins (IDPs) is highlighted in many studies. IDPs role in biology is underestimated in general, while school and university programs mostly ignore their existence.par To understand how membaneless organelles control the cellular functions it is important to define the properties of the system. A range of biophysical techniques can be used to characterise macroscopic features of the droplets. However, NMR is probably the only technique which allows to study phase separation at the molecular level and obtain atomic resolution information about interactions involved in their formation, in terms of dynamic and structural changes associated with the phase transition.One of the examples of phase separation in biology is the formation of viral proteins biocondensates. It appears that viral components are not dissolved in the cytoplasm but concentrated in so-called viral factories. Multiple advantages for such organisation can be found: Increase in the rate of chemical reactions due to the increase of concentration, control of the environmental conditions, protection from the host cell immune system recognition. In this thesis, phase separation phenomena is studied on the basis of measles virus replication machinery. The machinery requires the polymerase and two accessory proteins : Nucleoprotein and Phosphoprotein. The Nucleoprotein binds to the viral RNA and forms nucleocapsids, the Phosphoprotein controls this reaction as well as polymerase activity, formation of viral factories and probably many others which are not identified yet. The Phosphoprotein has multiple binding sites with the Nucleoprotein which are present at different stages of viral cycle. How the Phosphoprotein regulates its interactions with the Nucleoprotein and thus controls viral replication is an open question.The present study is important for understanding the mechanism of measles replication in cell as well as related viruses. And also provides the advances in the description of the basics of liquid-liquid phase separation of proteins thereby linking physics with cellular biology.This thesis is dedicated to several subjects:First we aimed to test the ability of measles virus Nucleoprotein and Phosphoprotein to phase separate and to determine the mechanism of droplet formation. Also, to determine the function of viral biocondensates - this is presented in Chapter 3.In addition, I aimed to study phosphorylation of measles Phosphoprotein it in vitro and understand the functional role of phosphorylation - this is the subject of Chapter 4.To better understand the physical origin of protein phase separation, we studied protein structure and dynamics using a model system. Using a disordered part of measles nucleoprotein, we compare protein behaviour between dilute and condensed states. Using NMR spectroscopy, we perform a site-specific comparison of motional amplitudes and timescales of the protein between phases (Chapter 5).; La séparation de phases liquide-liquide est un phénomène crucial dans toute la biologie, impliqué dans de multiples processus cellulaires et responsable de la formation d'organelles sans membrane qui sont essentielles pour l'organisation spatiale et temporelle intracellulaire. Il a été proposé que de tels organites soient impliqués dans la formation des usines de réplication virale, qui résultent de l'infection par un certain nombre de virus à ARN simple brin négatif.Ici, nous étudions la séparation de phase de la machinerie de réplication de la rougeole it in vitro, nous identifions la nature et la localisation des interactions requises et montrons que certains processus essentiels sont accélérés, en particulier l'assemblage de la nucléocapside où la nucléoprotéine de la rougeole se lie à l'ARN génomique pour former des capsides hélicoïdales.Les protéines impliquées dans la réplication de la rougeole sont connues pour être phosphorylées dans la cellule, cependant, le rôle fonctionnel de cette modification post-traductionnelle n'était pas compris auparavant. Au cours de ma thèse, nous avons découvert que la phosphorylation de la phosphoprotéine de la rougeole déclenche l'assemblage de la nucléocapside.Pour mieux comprendre l'origine physique de la séparation de phase des protéines, nous avons étudié la structure et la dynamique des protéines en utilisant un système modèle. En utilisant une partie désordonnée de la nucléoprotéine de la rougeole, nous comparons le comportement de la protéine entre les états dilué et condensé. En utilisant la spectroscopie RMN, nous effectuons une comparaison spécifique au site des amplitudes de mouvement et des échelles de temps de la protéine entre les phases.Enfin, il a également été démontré que le SARS-COV-2 forme des condensats viraux ne nécessitant qu'une seule protéine virale : la nucléoprotéine. Nous caractérisons ici les régions intrinsèquement désordonnées du SARS-COV-2 N et démontrons sa séparation de phase it in vitro.

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    Authors: PLAISANCE, Guillaume;

    Objective: This research explores the relationship between the governance of nonprofit organizations and their overall performance, which also includes their impact on their stakeholders. It therefore has analytical objectives around stakeholder relationships: with whom to work and to whom to be accountable? How to be accountable and strengthen the links with them? What accounts to give and what are the evaluation criteria? The effects of governance, the forms taken by accountability and the social construction of organizational performance and impact are therefore particularly studied.Approach and method: The main anchor is the contingent vision of organizations, to which the stakeholder and resource dependency theories belong. Based on a hypothetico-deductive approach inserted in the critical realist epistemic paradigm (PERC), the hypotheses from the literature are tested using methods of textual data analysis, logistic and linear multiple regressions, and structural equation models. The analyses focused on data from the largest French nonprofit organizations, on a questionnaire of nonprofit leaders during the Covid-19 crisis, on a survey of individual stakeholders, and on the case of the Young Farmers.Results: The conducted studies have shown that governance mechanisms can be explained by the sector and the actions of the nonprofits. However, the links between governance and overall performance need to be studied on a case-by-case basis. The same is true for the effects of accountability on performance. The short-term performance of nonprofit organizations, i.e., their viability, is enhanced by maintaining governance arrangements, while the adoption of a societal orientation has contrasting effects on viability. Finally, governance improves impact and relationship quality with stakeholders, which has a positive effect on organizational impact. However, these results need to be studied in detail in terms of governance mechanisms, stakeholders and performance dimensions.Theoretical implications: The obtained results enable to meet the objectives set. Thus, the contingent view of governance in nonprofit organizations leads to a strong adaptability (within each organization and to its stakeholders). Reporting is a crucial accountability mechanism but the relationship with stakeholders is particularly relevant too. Finally, all of the concepts discussed are contingent, making it possible to explain an emotional and subjective vision of impact as well as the multidimensionality of performance. The theories mobilized are therefore particularly adapted to nonprofit organizations and their operationalization has been revisited.Practitioner and societal implications: The results call for a reasonable and flexible measurement of the impact of nonprofit organizations and underline the crucial character of governance to improve performance and impact, in spite of mistrust. Stakeholder prioritization is crucial to avoid the problems associated with holistic accountability. The components of relationship quality can then become criteria for prioritizing stakeholders, as they vary among stakeholders and have an effect on performance and impact.; Objectif : La présente recherche explore la relation entretenue entre la gouvernance des organisations à but non lucratif et leur performance globale, qui inclut également leur impact sur leurs parties prenantes. Elle affiche donc des objectifs analytiques autour des liens avec les parties prenantes : avec qui œuvrer et à qui rendre des comptes ? comment rendre des comptes et raffermir les liens avec elles ? quels comptes rendre et quels sont les critères d’évaluation ? Les effets de la gouvernance, les formes prises par la reddition des comptes et la construction sociale de la performance et de l’impact organisationnels sont donc particulièrement étudiés.Approche et méthode : L’ancrage principal est la vision contingente des organisations, à laquelle appartiennent les théories des parties prenantes et de la dépendance aux ressources. A partir d’une démarche hypothético-déductive insérée dans le paradigme épistémique réaliste critique (PERC), les hypothèses issues de la littérature sont testées à partir de méthodes d’analyses de données textuelles, de régressions multiples logistiques et linéaires ainsi que de modèles d’équations structurelles. Les analyses ont porté sur les données des plus grandes associations françaises, sur un questionnaire auprès des dirigeants associatifs pendant la crise de la Covid-19, sur une enquête auprès de parties prenantes individuelles ainsi que sur le cas des Jeunes Agriculteurs.Résultats : Les études menées ont permis de montrer que les mécanismes de gouvernance s’expliquent notamment grâce au secteur et aux actions de l’association. En revanche, les liens entre gouvernance et performance globale sont à étudier au cas par cas. Il en va de même pour les effets de la reddition des comptes sur la performance. La performance à court-terme des associations, à savoir leur viabilité, est renforcée par le maintien des dispositifs de gouvernance tandis que l’adoption d’une orientation sociétale a des effets contrastés sur la viabilité. Enfin, globalement, la gouvernance améliore l’impact et la qualité de relation avec les parties prenantes qui elle-même a un effet positif sur l’impact organisationnel. Cependant, ces résultats doivent être étudiés dans le détail des mécanismes de gouvernance, des parties prenantes et des dimensions de la performance.Implications théoriques : Les résultats obtenus permettent de répondre aux objectifs fixés. Ainsi, la vision contingente de la gouvernance des organisations à but non lucratif conduit à une forte adaptabilité (dans chaque organisation et à ses parties prenantes). Le reporting est un mécanisme crucial de reddition des comptes mais la relation avec les parties prenantes est aussi particulièrement pertinente. Enfin, l'ensemble des concepts abordés sont contingents, permettant d'expliquer une vision émotionnelle et subjective de l’impact ainsi que la multidimensionnalité de la performance. Les théories mobilisées sont donc particulièrement adaptées pour les associations et leur opérationnalisation a été revisitée.Implications praticiennes et sociétales : Les résultats invitent à une mesure raisonnable et flexible de l’impact des organisations à but non lucratif et soulignent le caractère crucial de la gouvernance pour améliorer la performance et l’impact, en dépit des méfiances. La priorisation des parties prenantes est en outre cruciale, pour éviter les problèmes associés à la reddition des comptes holistique. Les composantes de la qualité de relation peuvent alors devenir des critères de hiérarchisation et de priorisation des parties prenantes, car elles varient selon les parties prenantes et ont un effet sur la performance et l’impact.

    image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/ Oskar Bordeauxarrow_drop_down
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    Oskar Bordeaux
    Doctoral thesis
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  • Authors: Kaushalya, .;

    Thèse confidentielle jusqu'au 26 octobre 2022.; The need for memory storage devices has skyrocketed over the last few decades especially after the development of the internet. This need has reached enormous heights in the past two years, soon after the pandemic due to COVID-19. Hard disk drives (HDDs) are known to have the potential to meet up with the high-density data storage demands. This thesis deals with one of the major challenges faced within the spintronic community to improve the speed and the energy consumption of memory devices.The speed of operation during the writing of a magnetic bit depends on the magnetization switching mechanism employed. The switching mechanism is itself dependent on the intrinsic magnetic properties of the sample and the externally induced excitation that drives the reversal of the magnetic bit 1. In this thesis, we will focus on the use of spin-orbit torque (SOT) excitations to drive the reversal, which is a relatively new but fast and energy-efficient approach in comparison with other state-of-the-art methods.The typical speed of magnetization reversal using SOTs is in the range of few nanoseconds, far slower than the picosecond-long switching that is possible with charge-based memory devices2. In fact, a record reversal speed with electrical pulses as short as ~200ps was reported by Garello et. al., 3 in 2011 using SOTs. This thesis reports further efforts to speed up the magnetization reversal by almost 2 orders of magnitude by exploiting such SOTs. To this aim, THz electrical pulses were generated via the use Auston photoconductive switches. We demonstrate that a single 6ps wide electrical pulse can induce a SOT to a 1nm thin Co ferromagnetic layer and result in a full magnetization reversal. A systematic study to understand SOTs in the picosecond time regime is also undertaken via using different magnetic nanostructures.In magnetic memory devices, a “read-head” is used to read the stored information in the device. Typically, in spintronic devices, giant magnetoresistance (GMR) or tunnel magnetoresistance (TMR) based read heads are used for such operations. In this thesis, we also report on the attempts of developing a GMR sensor working in the THz regime.To undertake the aforementioned studies, a pump-probe optical and optoelectrical experimental setup has also been built and a detailed report of the same is also provided in the thesis.; Le besoin de dispositifs de stockage de mémoire a explosé au cours des dernières décennies, en particulier après le développement d'Internet. Ce besoin a atteint des sommets énormes au cours des deux dernières années, peu après la pandémie due au COVID-19. Les disques durs (HDD) sont connus pour avoir le potentiel de répondre aux demandes de stockage de données haute densité. Cette thèse traite de l'un des défis majeurs rencontrés au sein de la communauté spintronique pour améliorer la vitesse et la consommation d'énergie des dispositifs de mémoire. La vitesse de fonctionnement lors de l'écriture d'un bit magnétique dépend du mécanisme de commutation de magnétisation utilisé. Le mécanisme de commutation est lui-même dépendant des propriétés magnétiques intrinsèques de l'échantillon et de l'excitation induite de l'extérieur qui entraîne l'inversion du trépan magnétique 1. Dans cette thèse, nous nous concentrerons sur l'utilisation des excitations du couple spin-orbite (SOT) pour entraîner l'inversion, qui sont une approche relativement nouvelle mais rapide et économe en énergie par rapport à d'autres méthodes de pointe. La vitesse typique d'inversion de magnétisation à l'aide des SOT est de l'ordre de quelques nanosecondes, bien plus lente que la commutation longue de la picoseconde qui est possible avec les dispositifs de mémoire basés sur la charge 2. En fait, une vitesse d'inversion record avec des impulsions électriques aussi courtes que ~ 200 ps a été signalée par Garello et. al., 3 en 2011 en utilisant des SOT. Cette thèse rapporte des efforts supplémentaires pour accélérer l'inversion de l'aimantation de près de 2 ordres de grandeur en exploitant de tels SOT. Dans ce but, des impulsions électriques THz ont été générées via l'utilisation de commutateurs photoconducteurs Auston. Nous démontrons qu'une seule impulsion électrique de 6ps de large peut induire un SOT sur une couche ferromagnétique de Co d'une épaisseur de 1 nm et entraîner une inversion complète de l'aimantation. Une étude systématique pour comprendre les SOT dans le régime temporel picoseconde est également entreprise via l'utilisation de différentes nanostructures magnétiques. Dans les dispositifs à mémoire magnétique, une "tête de lecture" est utilisée pour lire les informations stockées dans le dispositif. Typiquement, dans les dispositifs spintroniques, des têtes de lecture à magnétorésistance géante (GMR) ou à magnétorésistance tunnel (TMR) sont utilisées pour de telles opérations. Dans cette thèse, nous rapportons également les tentatives de développement d'un capteur GMR fonctionnant en régime THz. Pour entreprendre les études susmentionnées, un montage expérimental optique et optoélectrique pompe-sonde a également été construit et un rapport détaillé de celui-ci est également fourni dans la thèse.

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  • Authors: Montariol, Syrielle;

    In this thesis, we study lexical semantic change: temporal variations in the use and meaning of words, also called extit{diachrony}. These changes are carried by the way people use words, and mirror the evolution of various aspects of society such as its technological and cultural environment.We explore, compare and evaluate methods to build time-varying embeddings from a corpus in order to analyse language evolution.We focus on contextualised word embeddings using pre-trained language models such as BERT. We propose several approaches to extract and aggregate the contextualised representations of words over time, and quantify their level of semantic change.In particular, we address the practical aspect of these systems: the scalability of our approaches, with a view to applying them to large corpora or large vocabularies; their interpretability, by disambiguating the different uses of a word over time; and their applicability to concrete issues, for documents related to COVID19We evaluate the efficiency of these methods quantitatively using several annotated corpora, and qualitatively by linking the detected semantic variations with real-life events and numerical data.Finally, we extend the task of semantic change detection beyond the temporal dimension. We adapt it to a bilingual setting, to study the joint evolution of a word and its translation in two corpora of different languages; and to a synchronic frame, to detect semantic variations across different sources or communities on top of the temporal variation.; Dans cette thèse, nous étudions les changements lexico-sémantiques : les variations temporelles dans l'usage et la signification des mots, également appelé extit{diachronie}. Ces changements reflètent l'évolution de divers aspects de la société tels que l'environnement technologique et culturel.Nous explorons et évaluons des méthodes de construction de plongements lexicaux variant dans le temps afin d'analyser l'évolution du language. Nous utilisont notamment des plongements contextualisés à partir de modèles de langue pré-entraînés tels que BERT.Nous proposons plusieurs approches pour extraire et agréger les représentations contextualisées des mots dans le temps, et quantifier leur degré de changement sémantique. En particulier, nous abordons l'aspect pratique de ces systèmes: le passage à l'échelle de nos approches, en vue de les appliquer à de grands corpus ou de larges vocabulaire; leur interprétabilité, en désambiguïsant les différents usages d'un mot au cours du temps; et leur applicabilité à des problématiques concrètes, pour des documents liés au COVID19 et des corpus du domaine financier. Nous évaluons l'efficacité de ces méthodes de manière quantitative, en utilisant plusieurs corpus annotés, et de manière qualitative, en liant les variations détectées dans des corpus avec des événements de la vie réelle et des données numériques.Enfin, nous étendons la tâche de détection de changements sémantiques au-delà de la dimension temporelle. Nous l'adaptons à un cadre bilingue, pour étudier l'évolution conjointe d'un mot et sa traduction dans deux corpus de langues différentes; et à un cadre synchronique, pour détecter des variations sémantiques entre différentes sources ou communautés en plus de la variation temporelle.

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    Authors: Giraudeau, Philippe;

    Le numérique fait désormais partie intégrante du quotidien en s’immisçant progressivement dans toute les activités de notre société. Nous l’utilisons pour réaliser des tâches courantes comme découvrir, comprendre et apprendre. Des approches basées sur la manipulation physique et les activités de groupe ont la capacité à faciliter ce genre d’activité. Cependant, les dispositifs numériques traditionnels s’appuyant sur des interfaces utilisant écrans, claviers et souris sont limités dans ce type d’approche. Dans cette thèse, nous proposons d’utiliser de nouveaux paradigmes d’interaction avec le numérique, basés notamment sur la réalité augmentée et les interactions tangibles, afin de créer des environnements mixtes où le monde physique sert de support au monde virtuel. Si ces paradigmes existent depuis aux moins deux décennies, ils sont encore peu répandus au sein de notre société et difficilement accessibles hors de cas d’usage très spécifiques. Dans un premier temps, nous avons conçu et évalué des environnements physico-numériques qui mélangent des objets physiques présents en salle de classe tels que du papier, des crayons et des livres, avec des éléments numériques projetés (images, sons vidéos), au sein d’un même espace de travail. Ainsi, les élèves peuvent travailler de façon active et collective,comme ils le feraient dans un espace purement physique, tout en bénéficiant des possibilités offertes par le numérique. Dans un deuxième temps, nous avons exploré l’utilisation des interactions tangibles et de la réalité augmentée pour aider les utilisateurs à prendre conscience de leur consommation énergétique, et à optimiser la disposition et la circulation des personnes au sein de bâtiments publics, pour lutter contre l’épidémie de coronavirus. Digital technology is now an integral part of our daily lives.We use it to perform everyday tasks such as discovering, understanding and learning. Approaches based on physical manipulation and group activities have the capacity to facilitate such activities. However, traditional digital devices relying on interfaces using screens, keyboards and mice are limited in this type of approach. In this thesis, we propose to use new interaction paradigms with the digital world, based on augmented reality and tangible interactions, in order to create mixed environments where the physical world serves as a support to the virtual world. Although these paradigms have existed for at least two decades, they are still not widely used in our society and are difficult to access outside of very specific use cases. During this PhD, we have designed and evaluated environments that mix physical objects in the classroom such as paper, pencils and books, with projected digital elements (images, sounds, videos), within the same workspace. Thus, students can work actively and collectively, as they would in a purely physical space, while benefiting from the possibilities offered by digital technology. In a second step, we explored the use of tangible interactions and augmented reality to help users become aware of their energy consumption, and to optimize the layout and circulation of people within public buildings, to fight against the coronavirus epidemic.

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    Authors: Giraldo Soto, Catalina;

    [ES]Aunque la eficiencia energética de los edificios ha mejorado durante los últimos años, todavía se encuentra una importante "brecha de rendimiento" entre su diseño y el consumo real de energía. Esta brecha de rendimiento tiene tres fuentes principales: el comportamiento del usuario del edificio, el rendimiento real de los sistemas del edificio y el rendimiento energético real de la envoltura del edificio. Los resultados de la tesis tienen como objetivo avanzar en la fiabilidad de la comprensión y la cuantificación de la brecha de rendimiento debido al rendimiento energético en uso de la envoltura del edificio. El valor del Coeficiente de Pérdida de Calor de Diseño (HLC) de la envolvente del edificio suele estar disponible en los Certificados de Rendimiento Energético para los edificios nuevos o reformados, pero todavía existen problemas de fiabilidad en los métodos que permiten estimar el HLC de los edificios en uso. La HLC es la pérdida total de calor de un edificio que resulta de la transferencia de calor a través de la envolvente (UA) y de la infiltración y/o ventilación (Cv) por °C de diferencia de temperatura entre el interior y el exterior en W/°C.La tesis comienza analizando y presentando en detalle dos métodos para la estimación de la HLC. El conocido Método de Co-calentamiento, que está cerca de ser un estándar para medir la HLC de las envolventes de edificios desocupados. Mientras que el Método de Promedio permite la estimación de la HLC de las envolventes de edificios en uso. El Método de Promedio se basa principalmente en los ya extendidos sistemas de monitorización de edificios donde se miden los parámetros asociados al confort interior y calidad del aire, consumos de energía de los sistemas de edificios y datos meteorológicos. Además, utilizando CO2 antropogénico, como gas trazador, y los datos de monitorización del sistema de ventilación, se expone el método para la estimación de Cv. De esta forma, el la estimación del HLC de la envolvente del edificio en uso HLC, podría ser desacoplada por una simple sustracción HLC = UA + Cv .El objetivo general de este proyecto de tesis doctoral es avanzar en la fiabilidad y optimización de los Sistemas de Monitorización y Control para la estimación y el desacoplamiento del HLC, para en el futuro, poder definir un mínimo Kit de Monitorización energético para edificios residenciales o terciarios. Estos Kits de Monitorización deben ser lo más discretos posible y deben permitir monitorizar de forma fiable la mínima cantidad de datos que, junto con un análisis correcto, deben permitir caracterizar el comportamiento real de la envolvente del edificio. Así pues, después de presentar los métodos existentes para estimar y desacoplar de HLC en uso, se realiza el análisis del estado del arte sobre el uso los Sistemas de Monitorización y Control para la caracterización energética de la envolvente de los edificios en uso. Gracias a este análisis sobre los Sistemas de Monitorización y Control, se ha comprobado que, en la bibliografía existente, la incertidumbre general de la temperatura interior y exterior (cuando se presenta) se considera siempre como la precisión del fabricante. Utilizar sólo la precisión del fabricante como la incertidumbre global para estas dos importantes mediciones, que son necesarias para la estimación de las HLC de edificios en uso, podría conducir a una fuerte subestimación de su incertidumbre real y esta subestimación se propagaría en el valor estimado del HLC. Para analizar en profundidad este tema, que podría generar serios problemas de fiabilidad en los valores HLC, se ha diseñado e implementado unos sistemas de monitorización tridimensional en las oficinas de un edificio terciario. Para analizar la incertidumbre general de la medición de la temperatura del aire interior, se han monitorizado cuatro zonas térmicas del edificio terciario con un enfoque tridimensional. Para analizar la incertidumbre general de la medición de la temperatura del aire exterior, también se ha aplicado un enfoque de monitorización tridimensional alrededor de la envolvente del edificio.Los resultados de este análisis han permitido identificar la mejor ubicación de los sensores de temperatura interior y exterior en el edificio monitorizado. Igualmente, se han analizado las discrepancias entre el valor de la precisión del sensor dado por el fabricante y el valor experimental de la precisión del sensor más el sistema de Monitorización y Control. En este análisis se encuentra la principal contribución de esta tesis: donde se ha desarrollado una metodología para cuantificar de la incertidumbre global de medida de variables intensivas en los edificios en uso, como lo son la temperatura del aire interior y la temperatura del aire exterior. Esta metodología no sólo permite obtener el valor global de la incertidumbre de las medidas (denominada Incertidumbre de Medida), la cual contiene todas las fuentes de incertidumbre, sino que también permite desacoplar dicha incertidumbre en de la incertidumbre asociada a los errores aleatorios y los errores sistemáticos. Este desacoplamiento separa el valor de la varianza asociada a la incertidumbre global (Incertidumbre de Medida) en la suma de dos varianzas, una asociada a los errores sistemáticos (denominada en el estudio, Incertidumbre Medición del Sensor) y otra asociada a los errores aleatorios (denominada en el estudio, Incertidumbre Espacial de Medida).Por otro lado, a partir del análisis del Método de Co-Heating y del Método Promedio para estimar el HLC, se ha diseñado e implementado un sistema de Sistema de Monitorización y Control extremadamente detallado en un edificio residencial. El objetivo de este sistema de monitorización es poder analizar cuál es el conjunto mínimo de sensores necesarios para estimar y desacoplar los valores del HLC de un edificio en uso con una fiabilidad suficiente. Los sensores seleccionados tienen la mayor precisión posible que se podría encontrar para la aplicación en el sector de la construcción. También se incluye un análisis económico detallado para este Sistema de Monitorización y Control. Debido al COVID-19, no ha sido posible obtener suficientes datos de este sistema implementado para realizar el análisis previsto. Aun así, se presentan las directrices sobre cómo analizar los datos de este Sistema de Monitorización y Control para obtener el número mínimo de sensores para la estimación y desacople del HLC en edificios en uso. La cuantificación de la diferencia entre el diseño y los HLC, UA y Cv en uso no sólo es el primer paso para reducir el consumo de energía real de los edificios, sino que podría ser el comienzo de una nueva era para la certificación de edificios en uso, basada en los datos obtenidos del Sistema de Monitorización y Control. 353 p.

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  • Authors: Kundura, Lucy;

    During an infection, the main purpose of the immune response is to eliminate the pathogen. However, this response can have chronic side effects, such as in people living with aviremic HIV on treatment or acute, as in severe forms of COVID-19.People living with HIV-1, despite effective antiretroviral therapy, have more comorbidities compared with the general population. Many of these comorbidities are linked to persistent immune activation. We showed that different immune activation patterns could be identified in these patients, one of which was associated with the presence of microbial translocation and another with residual viremia. We also showed that different immune activation patterns were visible in a cohort of people from the general population and that people with one of these patterns showed signs of insulin resistance and metabolic syndrome.In a context of SARS-COV-2 infection, lymphopenia is observed in some patients. This lymphopenia is a predictor of complications up to admission into intensive care units or death. This lymphopenia seems to occur before the cytokinetic storm and could be one of the causes. We discovered a potential explanation for this lymphopenia: the monocytes of some patients admitted to the hospital produce reactive oxygen derivatives responsible for DNA damage and then apoptosis in circulating lymphocytes. These reactive oxygen derivatives are produced because of stimulation via the AT1R receptor of monocytes by angiotensin II, whose blood concentration is increased probably due to internalization of ACE2, an enzyme capable of cleaving angiotensin II, induced by SARS-COV-2 during cellular entry.Our work allows us to better understand the pathogenic mechanisms due to the immune activation induced by two different viruses and thus opens up therapeutic perspectives.; Lors d’une infection, le but principal de la réponse immunitaire est d’éliminer le pathogène. Cependant cette réponse peut avoir des effets secondaires indésirables chroniques, comme chez les personnes vivant avec le VIH avirémiques sous traitement ou aigües, comme dans les formes graves de COVID-19.Les personnes vivant avec les VIH-1, malgré un traitement antirétroviral efficace, présentent plus de comorbidités que la population générale. Beaucoup de ces comorbidités sont liées à une activation immunitaire persistante. Nous avons montré que différents profils d’activation immunitaire pouvaient être identifiés chez ces patients, dont un était associé à la présence d’une translocation microbienne et un autre à une virémie résiduelle. Nous avons également démontré que des profils différents d’activation immunitaire étaient visibles dans une cohorte de personnes issues de la population générale et que les personnes ayant un de ces profils présentaient des signes de résistance à l’insuline et de syndrome métabolique.Dans un contexte d’infection par le SARS-COV-2, une lymphopénie est observée chez certains patients. Cette lymphopénie est un facteur prédictif de complications entraînant l’admission en soins intensifs, voire la mort. Cette lymphopénie semble survenir avant l’orage cytokinique et pourrait en être une des causes. Nous avons découvert une raison à cette lymphopénie : les monocytes de certains patients admis à l’hôpital produisent des dérivés réactifs de l'oxygène responsables de lésions d’ADN puis d’apoptose dans les lymphocytes circulants. Ces dérivés réactifs de l'oxygène sont produits à cause de la stimulation via le récepteur AT1R des monocytes par l’angiotensine II, dont la concentration sanguine est augmentée probablement du fait de l’internalisation d’ACE2, enzyme capable de cliver l’angiotensine II, induite par le SARS-COV-2 au cours de son entrée cellulaire.Nos travaux permettent de mieux comprendre les mécanismes pathogènes dus à l’activation immunitaire induite par deux virus différents et ouvrent par là des perspectives thérapeutiques.

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  • Authors: Sacré, Margault;

    Blended learning is increasingly prevalent in higher education institutions, and this phenomenon has been further exacerbated by the COVID-19 crisis. However, the predictors of student performance in blended courses are not yet clearly identified. How can we support student achievement when implementing a blended course? This question is studied in this thesis from the perspective of education and training sciences and, to some extent, social psychology. Thus, the ambition of this thesis is to highlight pedagogical components and motivational factors related to students' performance in blended settings, to propose concrete ways of action to educational agents. Through two systematic reviews (chapters 1 and 3) and an empirical study of 538 nursing students (chapter 4) three pedagogical levers were identified: the extensive use of available technologies, the presence of formative feedbacks and the combination of explicit and constructivist approaches. Motivational factors were then questioned and academic self-concept, achievement goals, self-determination theory (Chapter 6) and online participation were used. Three empirical studies (Chapters 7-9) identified two motivational levers: supporting a positive perception of students’ academic competence and engaging the intrinsic and autonomous quality of teaching and learning activities. In addition, the link between performance-approach goals and actual student performance is discussed with respect to the competitive dynamics present in nursing schools. Finally, several practical implications are proposed, perspectives for future work are presented, and an alliance between field and research is sought.; L’enseignement hybride est de plus en plus répandu dans les établissements d’enseignement supérieur et ce phénomène a par ailleurs été exacerbé par la crise pandémique liée au COVID 19. Pourtant, les facteurs prédictifs des performances des étudiants en contexte d’hybridation ne sont pas encore clairement identifiés. Comment soutenir la réussite des étudiants lors de l’élaboration et de l’implémentation d’un dispositif d’enseignement hybride ? Cette question est étudiée dans cette thèse d’un point de vue des sciences de l’éducation et de la formation et, dans une certaine mesure, de la psychologie sociale. Ainsi, l’ambition de ce travail de thèse est de mettre en évidence des composantes pédagogiques et des facteurs motivationnels en lien avec les performances des étudiants dans des dispositifs hybrides, de sorte à proposer des leviers d’action concrets aux acteurs de l’éducation. Les résultats de deux revues systématiques (chapitres 1 et 3) et d’une étude empirique auprès de 538 étudiants (chapitre 4) en soins infirmiers ont permis l’identification de trois leviers pédagogiques : l'exploitation poussée des technologies mises à disposition, la présence de feedbacks formatifs et la combinaison entre approches explicites et constructivistes. Cette thèse a ensuite questionné les facteurs motivationnels et, à cet effet, le concept de soi académique, les buts d’accomplissement, la théorie de l’autodétermination (chapitre 6) et la participation en ligne ont été invoqués. Trois études empiriques (chapitres 7 à 9) ont permis de relever deux leviers motivationnels : le soutien à une perception positive de ses compétences académiques et la mobilisation du caractère intrinsèque et autonome des activités d'enseignement et d'apprentissage. De plus, le lien entre les buts de performance-approche et les performances effectives des étudiants est discuté au regard de la dynamique compétitive présente en Institut de Formation en Soins Infirmiers. Enfin, cette thèse propose plusieurs implications pratiques, présente des pistes de futurs travaux et sollicite une alliance entre le terrain et la recherche.

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    Authors: Hautefeuille, Claire;

    75% of infectious diseases in humans are zoonoses, i.e. of animal origin. The current health crisis linked to Covid-19 reminds us of this high risk of emergence of zoonotic diseases. The control of these diseases is therefore a crucial issue to ensure the sanitary safety of human and animal populations in this globalized world. Influenza viruses have been the cause of four major pandemics during the last century. Since 2003, these viruses have led to numerous epizootics that have been catastrophic for poultry farms in many countries. While the role of wild birds is clearly identified in the global spread of these influenza viruses, the movements of birds, humans and equipment within poultry production networks also play a role in this viral spread. Vaccination, coupled with outbreak surveillance and farm biosecurity, can limit the impact and circulation of the disease within a farm and thus within a poultry production network. The vaccination strategies to be implement must take into account the epidemiological context, the structure of the network, the different types of vaccines and the available resources. The objective of this thesis work is to understand the role of human, material and animal movements between farms in the risk of diffusion of AI viruses within poultry production networks and to propose a decision support tool to determine and evaluate vaccination strategies based on these risks and capable of controlling viral diffusion within these networks. To do so, a literature review was first conducted to identify the different existing movements within poultry production networks. This review highlights that the role of these movements are rarely considered on entire production networks. The development of an evaluation tool was based on an existing tool, named EVACS, which is composed of five modules: network analysis, definition of vaccination strategies to be tested, simulation of the immunity level, geographical distribution of this immunity and cost-benefit analysis. During this thesis work, the tool has been expanded with two newly developed modules: a risk assessment module, which informs an epidemiological modelling module to modelise the viral spread within production networks. The tool has been tested on several French poultry sectors to compare strategies based on the use of inactivated vaccines applied on the farm and recombinant vaccines with an application at the hatchery. We found that hatchery vaccination protocols based on a recombinant vaccine are the most efficient for the broiler, laying hen and turkey sectors for the French production network. The risk assessment module allowed us to identify the farms with the highest risk of between farm virus transmissions: in the broiler sector, indoor farms integrated within the same production organization have a higher risk of viral transmission between one another than other types of farms. The epidemiological modelling module, which tests the role of vaccination strategies on viral spread, has shown the role of maternal immunity in limiting viral spread within the French broiler production network. Our work finally confirmed the value of the EVACS tool to evaluate and define in an original and complete way the most appropriate vaccination strategies according to the available resources, the needs of the poultry production networks and the epidemiological contexts. This comprehensive tool is a relevant decision support tool for animal health authorities in their needs to choose the most appropriate and efficient vaccination strategies.; 75% des maladies infectieuses chez l’homme sont des zoonoses, c’est-à-dire d’origine animale. La crise sanitaire actuelle liée à la Covid-19 nous rappelle ce risque élevé d’émergence de maladies zoonotiques ainsi que leur impact parfois majeur. Le contrôle de ces maladies est donc un enjeu crucial pour la sécurité sanitaire des populations humaines et animales dans ce monde globalisé. Les virus influenza ont été à l’origine de quatre pandémies majeures au cours du siècle dernier. A partir de 2003, ces virus ont entrainé un grand nombre d’épizootiques catastrophiques pour les élevages avicoles dans de nombreux pays. Si le rôle des oiseaux sauvages est clairement identifié dans la diffusion mondiale de ces virus influenza, les mobilités humaines, matérielles et animales au sein des réseaux de production avicoles interviennent également dans cette diffusion. La vaccination, couplée à la surveillance des foyers et à la biosécurité des élevages, permet de limiter l’impact et la circulation de la maladie dans un élevage et donc dans un réseau de production avicole. Les stratégies de vaccination à mettre en oeuvre doivent prendre en compte le contexte épidémiologique, la structure du réseau, les différents types de vaccins et les ressources disponibles. L’objectif de ce travail de thèse est de comprendre le rôle des mobilités humaines, matérielles et animales entre les élevages dans le risque de diffusion des virus IA au sein des réseaux de production avicole et de proposer un outil d’aide à la décision pour déterminer et évaluer des stratégies de vaccination basées sur ces risques et capables contrôler la diffusion virale au sein de ces réseaux. Pour ce faire, une revue de la littérature a tout d’abord été réalisée pour identifier les différentes mobilités existantes au sein des réseaux de production avicoles. Cette revue montre que le rôle de ces mobilités est rarement pris en compte sur l’ensemble des réseaux de production. Le développement de l’outil d’évaluation s’est appuyé sur un outil existant, appelé EVACS, composé de cinq modules : analyse de réseau, définition des stratégies de vaccination à tester, simulation du niveau d’immunité, distribution géographique de cette immunité et analyse coût-bénéfice. Au cours de ce travail de thèse, cet outil a été complété par un module d’évaluation des risques informant un module de modélisation épidémiologique de la circulation virale au sein des réseaux de production. L’outil a été testé sur plusieurs filières avicoles françaises afin comparer des stratégies basées sur l’usage de vaccins inactivés appliqués à la ferme et de vaccins recombinants avec une application au couvoir. Nos résultats ont montré qu’en France, les protocoles de vaccination au couvoir basés sur un vaccin recombinant sont les plus efficients pour les filières poulet de chair, poule pondeuse et dinde. Le module d’évaluation des risques a permis de mettre en évidence les élevages qui présentaient le risque de transmission inter-élevages le plus élevé : dans la filière de poulets de chair, les élevages en claustration intégrés au sein de la même organisation de production ont un risque plus élevé de transmission virale entre eux que les autres types d’élevages. Le module de modélisation épidémiologique, qui permet de tester l’impact des stratégies vaccinales sur la diffusion virale, a démontré l’importance de l’immunité maternelle pour limiter efficacement la diffusion virale au sein du réseau de production de poulets de chair français. Nos travaux ont confirmé l’intérêt de l’outil EVACS pour évaluer et définir de manière originale et complète les stratégies de vaccination les plus adaptées selon les ressources disponibles, les besoins des réseaux de production avicole et les contextes épidémiologiques. Cet outil complet constitue un outil d’aide à la décision pertinent pour les gestionnaires de la santé animale dans leurs besoins de choisir des stratégies de vaccination les plus adaptées et les plus efficientes.

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  • Authors: Bannay, Aurélie;

    La disponibilité et le volume des données issues de bases médico-administratives (BMA) en font un outil de plus en plus utilisé en recherche. Cependant, la nature et la finalité financière de ces données rendent nécessaire une adaptation des méthodes d’épidémiologie classique. En effet, la réutilisation de ces données a soulevé des objections qu’il convient de prendre en compte. L’objectif de cette thèse était de montrer quel pouvait être l’apport des données issues de BMA en épidémiologie et en pharmacovigilance. Dans une première partie introductive sur les BMA, nous nous sommes attachés à en rechercher une définition, à illustrer leur périmètre, au travers d’exemples internationaux, et, à décrire le contenu des bases disponibles en France : les données hospitalières (Programme de médicalisation des systèmes d’information, PMSI) et les données de remboursement extra-hospitalières (datamart de consommation inter-régime, DCIR). Dans une deuxième partie, nous avons présenté des travaux méthodologiques prenant en compte les spécificités des données issues des BMA : la définition et l’évaluation d’un score pronostique (score de comorbidités de Charlson) calculé à partir des données disponibles dans les BMA, la gestion des données absentes des BMA. Deux approches ont été explorées : i) le développement d’un proxy appliqué à la notion d’hospitalisation programmée, ii) l’enrichissement de données de BMA par un appariement à des données issues d’un entrepôt de données hospitalières. Dans une troisième partie, nous avons illustré, au travers de cas d’usage, l’intérêt des données médico-administratives en épidémiologie et en pharmacovigilance : une fenêtre d’exposition étendue (recueil de comorbidités maternelles dans les 6 ans précédant une grossesse), un recrutement quasi-exhaustif en particulier dans le cadre de pathologies rares (sujets atteints de MICI et d’un syndrome coronarien), l’accélération du recrutement de sujets et du recueil de données (sujets atteints de COVID-19 pris en charge en réanimation) notamment en situation de crise sanitaire. Nous avons ensuite discuté les limites qui subsistent dans la réutilisation de ces données : leur volumétrie qui peut conduire à une situation de surpuissance statistique, leurs délais d’accès réglementaire et technique, l’investissement nécessaire à la compréhension de ces données, incomplètement mesuré par les utilisateurs de ces données qui n’en sont pas forcément les producteurs. En conclusion, nos travaux ont fait ressortir l’intérêt de la réutilisation des données issues de bases médico- administratives en recherche tout en soulignant les écueils qui pouvaient en résulter. L’intégration et la réutilisation de données multisources en santé permettrait de pallier un certain nombre de ces difficultés. The availability and the volume of data in administrative claims databases could offer a powerful tool for research. However, the origin and the financial purpose of these data require an adaptation of the classical epidemiological approaches. Indeed, the secondary use of these data raises several issues that need to be carefully addressed. The aim of this thesis work was to assess the contribution of claims databases in epidemiology and in pharmacovigilance. The first section discusses the definition of the administrative claims databases and their scope through international examples and then focuses on French claims databases that collect inpatient care data (Programme de médicalisation des systèmes d’information, PMSI) and outpatient care data (datamart de consommation inter-régime, DCIR). The second section discusses methodological issues to take into account the specificities of administrative claims databases: definition and assessment of a prognostic score (Charlson’s comorbidity index) applied to the SNDS database, and the management of missing data. Two approaches were used: i) the development of a proxy applied to the concept of planned hospital stay, and ii) the enhancement of claims data with clinical data from a hospital warehouse. The third section illustrates, through use cases, how claims data could be useful in epidemiology and pharmacovigilance: wide exposure window (maternal comorbidities collected in the 6 years before the conception date), exhaustive recruitment especially for rare pathologies (patients with inflammatory bowel disease and myocardial infarction), and improved screening of eligible patients and data collection especially during a health crisis (patients admitted to the intensive care unit for COVID-19). Finally, the limitations due to the secondary use of these data are discussed: their volume that might lead to statistical overpowered studies, their delayed access due to technical and legal restrictions, the effort required to understand these data that is often underestimated by users who are not always data producers. To conclude, our work highlights the interest of the secondary use of data from claims database in research while underlining the potential pitfalls. The integration and the secondary use of multisource data in healthcare research could solve part of these issues.

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  • Authors: Guseva, Serafima;

    Phase separation is now considered to be one of the hottest topics in biology which might transform our understanding of biology and biomedicine. Despite multiple examples and undoubtable proofs of their existence in cells, the scientific community still discusses whether it is a "Sloppy science or ground-breaking idea”. Phase separation is responsible for the formation of membaneless organelles which are involved in the arrangement of cell content. The cytoplasm and the nucleus are shown to be full of such structures. And even if several process take place in cytoplasms, they can be spatially separated with membaneless organelles. The discovery of biocondensates in the cell can finally answer the fundamental question of how cells organise the necessary molecules at the right place and time to carry out a particular function.The basics of the phase separation phenomena are still not fully understood especially for biological systems. However, the importance of intrinsically disordered proteins (IDPs) is highlighted in many studies. IDPs role in biology is underestimated in general, while school and university programs mostly ignore their existence.par To understand how membaneless organelles control the cellular functions it is important to define the properties of the system. A range of biophysical techniques can be used to characterise macroscopic features of the droplets. However, NMR is probably the only technique which allows to study phase separation at the molecular level and obtain atomic resolution information about interactions involved in their formation, in terms of dynamic and structural changes associated with the phase transition.One of the examples of phase separation in biology is the formation of viral proteins biocondensates. It appears that viral components are not dissolved in the cytoplasm but concentrated in so-called viral factories. Multiple advantages for such organisation can be found: Increase in the rate of chemical reactions due to the increase of concentration, control of the environmental conditions, protection from the host cell immune system recognition. In this thesis, phase separation phenomena is studied on the basis of measles virus replication machinery. The machinery requires the polymerase and two accessory proteins : Nucleoprotein and Phosphoprotein. The Nucleoprotein binds to the viral RNA and forms nucleocapsids, the Phosphoprotein controls this reaction as well as polymerase activity, formation of viral factories and probably many others which are not identified yet. The Phosphoprotein has multiple binding sites with the Nucleoprotein which are present at different stages of viral cycle. How the Phosphoprotein regulates its interactions with the Nucleoprotein and thus controls viral replication is an open question.The present study is important for understanding the mechanism of measles replication in cell as well as related viruses. And also provides the advances in the description of the basics of liquid-liquid phase separation of proteins thereby linking physics with cellular biology.This thesis is dedicated to several subjects:First we aimed to test the ability of measles virus Nucleoprotein and Phosphoprotein to phase separate and to determine the mechanism of droplet formation. Also, to determine the function of viral biocondensates - this is presented in Chapter 3.In addition, I aimed to study phosphorylation of measles Phosphoprotein it in vitro and understand the functional role of phosphorylation - this is the subject of Chapter 4.To better understand the physical origin of protein phase separation, we studied protein structure and dynamics using a model system. Using a disordered part of measles nucleoprotein, we compare protein behaviour between dilute and condensed states. Using NMR spectroscopy, we perform a site-specific comparison of motional amplitudes and timescales of the protein between phases (Chapter 5).; La séparation de phases liquide-liquide est un phénomène crucial dans toute la biologie, impliqué dans de multiples processus cellulaires et responsable de la formation d'organelles sans membrane qui sont essentielles pour l'organisation spatiale et temporelle intracellulaire. Il a été proposé que de tels organites soient impliqués dans la formation des usines de réplication virale, qui résultent de l'infection par un certain nombre de virus à ARN simple brin négatif.Ici, nous étudions la séparation de phase de la machinerie de réplication de la rougeole it in vitro, nous identifions la nature et la localisation des interactions requises et montrons que certains processus essentiels sont accélérés, en particulier l'assemblage de la nucléocapside où la nucléoprotéine de la rougeole se lie à l'ARN génomique pour former des capsides hélicoïdales.Les protéines impliquées dans la réplication de la rougeole sont connues pour être phosphorylées dans la cellule, cependant, le rôle fonctionnel de cette modification post-traductionnelle n'était pas compris auparavant. Au cours de ma thèse, nous avons découvert que la phosphorylation de la phosphoprotéine de la rougeole déclenche l'assemblage de la nucléocapside.Pour mieux comprendre l'origine physique de la séparation de phase des protéines, nous avons étudié la structure et la dynamique des protéines en utilisant un système modèle. En utilisant une partie désordonnée de la nucléoprotéine de la rougeole, nous comparons le comportement de la protéine entre les états dilué et condensé. En utilisant la spectroscopie RMN, nous effectuons une comparaison spécifique au site des amplitudes de mouvement et des échelles de temps de la protéine entre les phases.Enfin, il a également été démontré que le SARS-COV-2 forme des condensats viraux ne nécessitant qu'une seule protéine virale : la nucléoprotéine. Nous caractérisons ici les régions intrinsèquement désordonnées du SARS-COV-2 N et démontrons sa séparation de phase it in vitro.

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    Authors: PLAISANCE, Guillaume;

    Objective: This research explores the relationship between the governance of nonprofit organizations and their overall performance, which also includes their impact on their stakeholders. It therefore has analytical objectives around stakeholder relationships: with whom to work and to whom to be accountable? How to be accountable and strengthen the links with them? What accounts to give and what are the evaluation criteria? The effects of governance, the forms taken by accountability and the social construction of organizational performance and impact are therefore particularly studied.Approach and method: The main anchor is the contingent vision of organizations, to which the stakeholder and resource dependency theories belong. Based on a hypothetico-deductive approach inserted in the critical realist epistemic paradigm (PERC), the hypotheses from the literature are tested using methods of textual data analysis, logistic and linear multiple regressions, and structural equation models. The analyses focused on data from the largest French nonprofit organizations, on a questionnaire of nonprofit leaders during the Covid-19 crisis, on a survey of individual stakeholders, and on the case of the Young Farmers.Results: The conducted studies have shown that governance mechanisms can be explained by the sector and the actions of the nonprofits. However, the links between governance and overall performance need to be studied on a case-by-case basis. The same is true for the effects of accountability on performance. The short-term performance of nonprofit organizations, i.e., their viability, is enhanced by maintaining governance arrangements, while the adoption of a societal orientation has contrasting effects on viability. Finally, governance improves impact and relationship quality with stakeholders, which has a positive effect on organizational impact. However, these results need to be studied in detail in terms of governance mechanisms, stakeholders and performance dimensions.Theoretical implications: The obtained results enable to meet the objectives set. Thus, the contingent view of governance in nonprofit organizations leads to a strong adaptability (within each organization and to its stakeholders). Reporting is a crucial accountability mechanism but the relationship with stakeholders is particularly relevant too. Finally, all of the concepts discussed are contingent, making it possible to explain an emotional and subjective vision of impact as well as the multidimensionality of performance. The theories mobilized are therefore particularly adapted to nonprofit organizations and their operationalization has been revisited.Practitioner and societal implications: The results call for a reasonable and flexible measurement of the impact of nonprofit organizations and underline the crucial character of governance to improve performance and impact, in spite of mistrust. Stakeholder prioritization is crucial to avoid the problems associated with holistic accountability. The components of relationship quality can then become criteria for prioritizing stakeholders, as they vary among stakeholders and have an effect on performance and impact.; Objectif : La présente recherche explore la relation entretenue entre la gouvernance des organisations à but non lucratif et leur performance globale, qui inclut également leur impact sur leurs parties prenantes. Elle affiche donc des objectifs analytiques autour des liens avec les parties prenantes : avec qui œuvrer et à qui rendre des comptes ? comment rendre des comptes et raffermir les liens avec elles ? quels comptes rendre et quels sont les critères d’évaluation ? Les effets de la gouvernance, les formes prises par la reddition des comptes et la construction sociale de la performance et de l’impact organisationnels sont donc particulièrement étudiés.Approche et méthode : L’ancrage principal est la vision contingente des organisations, à laquelle appartiennent les théories des parties prenantes et de la dépendance aux ressources. A partir d’une démarche hypothético-déductive insérée dans le paradigme épistémique réaliste critique (PERC), les hypothèses issues de la littérature sont testées à partir de méthodes d’analyses de données textuelles, de régressions multiples logistiques et linéaires ainsi que de modèles d’équations structurelles. Les analyses ont porté sur les données des plus grandes associations françaises, sur un questionnaire auprès des dirigeants associatifs pendant la crise de la Covid-19, sur une enquête auprès de parties prenantes individuelles ainsi que sur le cas des Jeunes Agriculteurs.Résultats : Les études menées ont permis de montrer que les mécanismes de gouvernance s’expliquent notamment grâce au secteur et aux actions de l’association. En revanche, les liens entre gouvernance et performance globale sont à étudier au cas par cas. Il en va de même pour les effets de la reddition des comptes sur la performance. La performance à court-terme des associations, à savoir leur viabilité, est renforcée par le maintien des dispositifs de gouvernance tandis que l’adoption d’une orientation sociétale a des effets contrastés sur la viabilité. Enfin, globalement, la gouvernance améliore l’impact et la qualité de relation avec les parties prenantes qui elle-même a un effet positif sur l’impact organisationnel. Cependant, ces résultats doivent être étudiés dans le détail des mécanismes de gouvernance, des parties prenantes et des dimensions de la performance.Implications théoriques : Les résultats obtenus permettent de répondre aux objectifs fixés. Ainsi, la vision contingente de la gouvernance des organisations à but non lucratif conduit à une forte adaptabilité (dans chaque organisation et à ses parties prenantes). Le reporting est un mécanisme crucial de reddition des comptes mais la relation avec les parties prenantes est aussi particulièrement pertinente. Enfin, l'ensemble des concepts abordés sont contingents, permettant d'expliquer une vision émotionnelle et subjective de l’impact ainsi que la multidimensionnalité de la performance. Les théories mobilisées sont donc particulièrement adaptées pour les associations et leur opérationnalisation a été revisitée.Implications praticiennes et sociétales : Les résultats invitent à une mesure raisonnable et flexible de l’impact des organisations à but non lucratif et soulignent le caractère crucial de la gouvernance pour améliorer la performance et l’impact, en dépit des méfiances. La priorisation des parties prenantes est en outre cruciale, pour éviter les problèmes associés à la reddition des comptes holistique. Les composantes de la qualité de relation peuvent alors devenir des critères de hiérarchisation et de priorisation des parties prenantes, car elles varient selon les parties prenantes et ont un effet sur la performance et l’impact.

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    Oskar Bordeaux
    Doctoral thesis
    Data sources: Oskar Bordeaux
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  • Authors: Kaushalya, .;

    Thèse confidentielle jusqu'au 26 octobre 2022.; The need for memory storage devices has skyrocketed over the last few decades especially after the development of the internet. This need has reached enormous heights in the past two years, soon after the pandemic due to COVID-19. Hard disk drives (HDDs) are known to have the potential to meet up with the high-density data storage demands. This thesis deals with one of the major challenges faced within the spintronic community to improve the speed and the energy consumption of memory devices.The speed of operation during the writing of a magnetic bit depends on the magnetization switching mechanism employed. The switching mechanism is itself dependent on the intrinsic magnetic properties of the sample and the externally induced excitation that drives the reversal of the magnetic bit 1. In this thesis, we will focus on the use of spin-orbit torque (SOT) excitations to drive the reversal, which is a relatively new but fast and energy-efficient approach in comparison with other state-of-the-art methods.The typical speed of magnetization reversal using SOTs is in the range of few nanoseconds, far slower than the picosecond-long switching that is possible with charge-based memory devices2. In fact, a record reversal speed with electrical pulses as short as ~200ps was reported by Garello et. al., 3 in 2011 using SOTs. This thesis reports further efforts to speed up the magnetization reversal by almost 2 orders of magnitude by exploiting such SOTs. To this aim, THz electrical pulses were generated via the use Auston photoconductive switches. We demonstrate that a single 6ps wide electrical pulse can induce a SOT to a 1nm thin Co ferromagnetic layer and result in a full magnetization reversal. A systematic study to understand SOTs in the picosecond time regime is also undertaken via using different magnetic nanostructures.In magnetic memory devices, a “read-head” is used to read the stored information in the device. Typically, in spintronic devices, giant magnetoresistance (GMR) or tunnel magnetoresistance (TMR) based read heads are used for such operations. In this thesis, we also report on the attempts of developing a GMR sensor working in the THz regime.To undertake the aforementioned studies, a pump-probe optical and optoelectrical experimental setup has also been built and a detailed report of the same is also provided in the thesis.; Le besoin de dispositifs de stockage de mémoire a explosé au cours des dernières décennies, en particulier après le développement d'Internet. Ce besoin a atteint des sommets énormes au cours des deux dernières années, peu après la pandémie due au COVID-19. Les disques durs (HDD) sont connus pour avoir le potentiel de répondre aux demandes de stockage de données haute densité. Cette thèse traite de l'un des défis majeurs rencontrés au sein de la communauté spintronique pour améliorer la vitesse et la consommation d'énergie des dispositifs de mémoire. La vitesse de fonctionnement lors de l'écriture d'un bit magnétique dépend du mécanisme de commutation de magnétisation utilisé. Le mécanisme de commutation est lui-même dépendant des propriétés magnétiques intrinsèques de l'échantillon et de l'excitation induite de l'extérieur qui entraîne l'inversion du trépan magnétique 1. Dans cette thèse, nous nous concentrerons sur l'utilisation des excitations du couple spin-orbite (SOT) pour entraîner l'inversion, qui sont une approche relativement nouvelle mais rapide et économe en énergie par rapport à d'autres méthodes de pointe. La vitesse typique d'inversion de magnétisation à l'aide des SOT est de l'ordre de quelques nanosecondes, bien plus lente que la commutation longue de la picoseconde qui est possible avec les dispositifs de mémoire basés sur la charge 2. En fait, une vitesse d'inversion record avec des impulsions électriques aussi courtes que ~ 200 ps a été signalée par Garello et. al., 3 en 2011 en utilisant des SOT. Cette thèse rapporte des efforts supplémentaires pour accélérer l'inversion de l'aimantation de près de 2 ordres de grandeur en exploitant de tels SOT. Dans ce but, des impulsions électriques THz ont été générées via l'utilisation de commutateurs photoconducteurs Auston. Nous démontrons qu'une seule impulsion électrique de 6ps de large peut induire un SOT sur une couche ferromagnétique de Co d'une épaisseur de 1 nm et entraîner une inversion complète de l'aimantation. Une étude systématique pour comprendre les SOT dans le régime temporel picoseconde est également entreprise via l'utilisation de différentes nanostructures magnétiques. Dans les dispositifs à mémoire magnétique, une "tête de lecture" est utilisée pour lire les informations stockées dans le dispositif. Typiquement, dans les dispositifs spintroniques, des têtes de lecture à magnétorésistance géante (GMR) ou à magnétorésistance tunnel (TMR) sont utilisées pour de telles opérations. Dans cette thèse, nous rapportons également les tentatives de développement d'un capteur GMR fonctionnant en régime THz. Pour entreprendre les études susmentionnées, un montage expérimental optique et optoélectrique pompe-sonde a également été construit et un rapport détaillé de celui-ci est également fourni dans la thèse.

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    Doctoral thesis . 2021
    Data sources: Hal-Diderot
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      Data sources: Hal-Diderot