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description Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis , Other literature type 2013 France EnglishPublisher:HAL CCSD Authors: Dumont, Sarah, Baccouche;Dumont, Sarah, Baccouche;Le rhabdomyosarcome de l'adulte est une tumeur rare au pronostic. Le présent travail propose d'étudier les caractéristiques cliniques et moléculaires et la prise en charge des adolescents et adultes atteints de rhabdomyosarcome ainsi que la possibilité de combinaison de thérapie ciblées sur lignées cellulaires in vitro. Nous avons anamysé rétrospectivement 239 patients âgés de 10 ans ou plus, atteints de rhabdomyosarcome au MD Anderson Cancer Center entre 1957 et 2003 et leur statut fusionnel pour PAX-FOXO1 par hybridation in situ en fluorescence. Trois lignées cellulaire de sarcome à petites cellules ont été soumises à des combinaisons de thérapies ciblées avec analyse de la viabilité. Les patients de plus de 50 ans avaient une survie globale à 5 ans de 13 % (médiane de survi à 1.7 ans) en dépit d'une maladie localisée. Approximativement 13 % des patients métastasiques de moins de 50 ans ont eu une survie prolongée de plus de 15 ans. L'utilisation d'une stratégie thérapeutique triple, intégrant chirurgie, chimiothérapie et radiothérapie était signifcativement associée à une survie prolongée. Auniveau molécualire, la présence du transcrit de fusio PAX3/7-FOXO1 était significativement liée à un risque accru de maladie métastatique. L'étude in vitro de thérapies ciblées a permis d'identifier la combinaison du vorinostat plus le 17DMAG associée à la doxorubicine comme ayant une meilleure efficacité. La prise en charge du rhabdomyosarcome de l'adolescent et de l'adulte semble souffrir d'une approche moins agressive comparée au rhabdomyosarcome pédiatrique. De plus, des combianaisons de thérapies ciblées peuvent être intégrées aux protocoles de chimiothérapies standards. Rhabdomyosarcoma is a rare entity adult patient with unfavourable outcome. This work describes the clinical and molecular specificities of adolescent and adult type of rhabdomyosarcoma and investigates the optimal integration of targetd therapy combinations on small cell sarcoma cell lines in vitro. We retrospectively analyzed 239 patients, 10 years of age and greater, diagonsed withrhabdomyosarcoma at MD Anderson Cancer Center from 1957 trough 2003 and their PAX-FOXO1 fusion gene status by fluorescence in situ hybridization on tissues microarray. Three samll cell sarcoma cell lines were exposed to targetd agent combinations. PAtient with metastatic rhabdomyosarcoma were found to have a 18 % survival rate at 5 years from diagnosis with an 12 %survival past 15 years. This outcome was even poorer for patients over 50 of age, even with localized disease. Younger patients were more likely to receive multidisciplinary therapy than their older counterparts. The presence of PAX-FOXO1 tranlocation was significantly associated with a higher frequency of metastatic disease. The four agents with the exception of abacavir synergized two by two with each other in vitro but the triple combinations did not perform beter than the bitherapies. The dual therapies vorinostat 5HDAC inhibitor) plus 17-DMAG (Hsp90 inhibitor) added with doxorubicin achvied better results than dual or triple therapies. Adult patient with rhabdomyosarcoma present similar molecular and clinical characteristics compared pediatric patients but outcome decrease with age partly du to a less multimodal management. Moreover targeted combinations should be integrated to chemotherapy backbone.
Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::2f7487aaea5c41b1bf23cb1eacccfae2&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::2f7487aaea5c41b1bf23cb1eacccfae2&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis , Other literature type 2018 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Leborne, Francois;Leborne, Francois;Dans le cadre de la collecte sous-marine d'échantillons biologiques et minéraux pour la recherche scientifique par un robot sous-marin équipé de bras manipulateurs, ce projet de thèse a pour but principal le développement de nouvelles techniques de manipulation des échantillons, plus fiables, permettant d'en assurer l'intégrité physique et leur exploitabilité par les chercheurs. Les nouvelles techniques de manipulation proposées prennent en compte l'actionnement particulier des nouveaux bras électriques sous-marins équipant les engins récents, afin d'augmenter la précision du positionnement des outils embarqués par le manipulateur. Un outil amovible, compliant, et mesurant les efforts d'interaction entre les bras du sous-marin et leur environnement est aussi proposé, et des méthodes permettant de tirer partie des caractéristiques de cet outil sont développées et testées expérimentalement. L'engin sous-marin hybride HROV Ariane, équipé de deux bras électriques hétérogènes, offre la plateforme opérationnelle pour la validation expérimentale des solutions proposées. The research carried out in the scope of this doctorate degree aims to develop innovative techniques to improve the collection of biological and mineral samples underwater using robotic manipulators. The end goal is to enhance the handling by robotic means in order to maximise sample quality provided to marine scientists. The proposed techniques are based on an in-depth analysis of the robotic arm actuators used in most recent underwater intervention vehicles, in order to improve the accuracy of the positionning of the tools held by the manipulator arms. An instrumented tool has also been developed with the aim to measure the reaction forces and adapt the interaction between the arm's end-effector and its environment to improve samples handling. These methods and the other contributions described in this thesis have been experimentally validated using Ifremer's hybrid-ROV Ariane equipped with two electrically actuated heterogeneous robotic arms.
ArchiMer - Instituti... arrow_drop_down ArchiMer - Institutional Archive of IfremerOther literature type . 2018Data sources: ArchiMer - Institutional Archive of IfremerMémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_________7::ee074a2b5319443bf7212513abcffcda&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert ArchiMer - Instituti... arrow_drop_down ArchiMer - Institutional Archive of IfremerOther literature type . 2018Data sources: ArchiMer - Institutional Archive of IfremerMémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_________7::ee074a2b5319443bf7212513abcffcda&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2016 France EnglishPublisher:HAL CCSD Funded by:TARA | Tara OceansTARA| Tara OceansAuthors: Vincent, Flora;Vincent, Flora;Diatoms are unicellular photosynthetic microeukaryotes that play a critical role in the functioning of marine ecosystems. They are responsible for 20% of global photosynthesis on Earth and lie at the base of marine food webs, ever more threatened by climate change.Diatoms establish microbial interactions with numerous organisms across the whole tree of life, through complex mechanisms including symbiosis, parasitism and competition. The goal of my thesis was to understand how those biotic interactions structure the planktonic community at large spatial scales, by using new approaches based on the unprecedented Tara Oceans dataset, a unique and worldwide circumnavigation that collected over 40.000 samples across 210 sites to explore the diversity and functions of marine microbes. Through the analysis of microbial association networks, I show that diatoms act as repulsive segregators in the ocean, in particular towards potentially harmful organisms such as predators as well as parasites, and that species co-occurrence is driven by environmental factors in a minority of cases. By leveraging the singularity of the Tara Oceans data, I provide a comprehensive characterization of a prevalent biotic interaction between a diatom and heterotrophic ciliates at large spatial scale, illustrating the success of data-driven research. Overall, my thesis contributes to our understanding of diatom biotic interactions, from the global patterns to the single cell.; Les diatomées sont des micro-algues unicellulaires, qui jouent un rôle primordial dans l’eco-système marin. En effet, elles sont responsables de 20% de l’activité photosynthétique sur Terre, et sont à la base de la chaîne alimentaire marine, toujours plus menacée par le changement climatique. Les diatomées établissent diverses interactions microbiennes avec des organismes issus de l’ensemble de l’arbre du vivant, à travers des méchanismes complexes tels que la symbiose, le parasitisme ou la compétition. L’objectif de ma thèse a été de comprendre comment ces interactions structurent la communauté du plancton, à grande échelle spatiale. Pour ce faire, j’ai développé de nouvelles approches basées sur le jeu de données inédit de Tara Océans, une expédition mondiale qui a exploré la diversité et les fonctions des microbes marins, en récoltant plus de 40.000 échantillons à travers 210 sites autour du monde. Grâce à l’analyse de réseaux de co-occurrence microbiens, je montre d’une part que les diatomées agissent comme des « ségrégateurs répulsifs » à l’échelle globale, en particulier envers les organismes potentiellement dangeureux tels que les prédateurs et les parasites, et d’autre part que la co-occurrence des espèces ne s’explique qu’en minorité par les facteurs environnementaux. Grâce à la richesse des données Tara Océans, j’ai par ailleurs permis la charactérisation d’une interaction biotique impliquant une diatomée et un cilié hétérotrophe à l’échelle de l’eco-système, illustrant de surcroît le succès des approches dirigées par les données. Dans l’ensemble, ma thèse contribue à notre compréhension des interactions biotiques impliquant les diatomées, de l’échelle globale à la cellule unique.
Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2016All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_______212::5d4b6bc0a85665b8a5ce709b813f650c&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2016All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_______212::5d4b6bc0a85665b8a5ce709b813f650c&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2013 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Yossundara, Anunya;Yossundara, Anunya;Corollaire naturel de l'autorisation parlementaire, le contrôle des finances publiques est un élément indissociable de la démocratie. Aujourd'hui, le contrôle des finances publiques est appelé à se renouveler en raison des mutations profondes enclenchées par l'introduction de la logique de gestion. De nouvelles exigences, qui sont des prolongements de cette logique de gestion et de la recherche de la performance, font leur apparition dans ce monde du contrôle longtemps dominé par la seule préoccupation du respect de la régularité de l'exécution budgétaire. Les contrôles se sont diversifiés dans leurs formes et leurs objets, en adoptant des techniques issues du secteur privé, considéré souvent comme un modèle de la performance. Cette évolution s'inscrit dans un contexte institutionnel propre à la Thaïlande, marqué par la fragilité particulière du régime parlementaire. En conséquence, le contrôle interne connaît des évolutions importantes tandis que les organes de contrôle externe, à savoir, l'institution supérieure de contrôle et le Parlement, peinent à s'adapter face aux nouveaux enjeux des finances publiques. Néanmoins, il ne faut pas perdre de vue que toutes ces mutations ont lieu dans le cadre de nos sociétés fondée sur des principes démocratiques. Il est indispensable de concilier le politique et la gestion car les nouvelles techniques de contrôle n'ont pas lieu de remplacer l'organe de contrôle et de décision principal qu'est le Parlement mais elles ont pour objectif d'éclairer le politique. Il convient ainsi de proposer des préconisations afin de revaloriser le contrôle externe et d'améliorer, par là même, l'efficacité du contrôle des finances publiques. Corollary of the principle of budget approval by the Parliament; the control of public money is an inseparable element of democracy. As a result of important transformations induced by the introduction of business management concept in the public sector, the public financial control system is required to be renewed. This system hence needs to consider new requirements in relation to new public management and the pursuit of performance in public sector. The public financial control mechanisms have diversified both in their forms and their contents. The tendency is to adopt the techniques used in the private sector generally considered as a model of performance management. These changes take place in a particular institutional context of Thailand which has been deeply affected by the instability of Parliamentary system. In consequence, the internal control system has learnt an important modernization concerning financial and budgetary control. Meanwhile, the organs in charge of external control, the Supreme Audit Institution and the Parliament, struggled to adapt to the new challenges of public finance. However, all of these transformations take place in our society, which is based on democratic principles. It is necessary to conciliate the politic and the management concepts because the new control techniques are not designed to replace the principal control and decisional organ, the Parliament, but these techniques are designed to inform the political organ. It is vital to propose potential solutions to strengthen the external control and, by that means, increase the efficiency of the public financial control.
Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Hyper Article en Ligne; Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationOther literature type . Doctoral thesis . 2013Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::40d5fd77ab3f234361622f0fcc72b2a0&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Hyper Article en Ligne; Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationOther literature type . Doctoral thesis . 2013Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::40d5fd77ab3f234361622f0fcc72b2a0&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2018 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Jagot, Sabrina;Jagot, Sabrina;The dramatic increase in myotomal muscle mass in fish is related to their unique ability to lastingly produce new muscle fibres, a process termed hyperplasia. In this study, we aimed to characterize intrinsic properties of myogenic cells originating from hyperplasic fish muscle. For this purpose, we compared in situ proliferation, in vitro cell behavior and transcriptomes (RNAs and miRNAs) of myogenic precursors from hyperplasic muscle of juvenile trout (JT) and from non-hyperplastic muscle of fasted juvenile trout (FJT) and adult trout (AT). We showed an higher proliferation rate of trout satellite cells in vivo in hyperplastic muscle compared to non-hyperplastic muscle. Functional analysis of transcriptomics data showed, among the over-expressed genes in JT myogenic cells compared to AT and FJT, an enrichment in genes related to mitochondrial activity, cell cycle and myogenic differentiation.We found also an enrichment in genes involved in Notch signaling pathway, indicating a repression of quiescency markers in JT myogenic cells compared to AT and FJT. Moreover, the miRnome analysis also revealed overexpressed miRNAs in JT whose targets may regulate the proliferation and the differentiation of myogenic precursors. In line with our results, JT myogenic precursors displayed in vitro higher proliferation and differentiation capacities than FJT and AT myogenic precursors. On the whole, our results converge to support the view that myogenic cells extracted from hyperplastic muscle of juvenile trout are intrinsically more potent to form myofibres than myogenic cells extracte; La remarquable capacité de croissance musculaire des poissons est liée notamment à leur capacité à produire durablement de nouvelles fibres (hyperplasie). Nous avons cherché à caractériser au niveau cellulaire et moléculaire les propriétés intrinsèques des précurseurs myogéniques de muscle hyperplasique de la truite. Ainsi, nous avons comparé la prolifération in situ, le comportement in vitro, et les transcriptomes (ARN messagers et microARNs) de précurseurs myogéniques de muscle hyperplasique de truites juvéniles (JT) et de muscles non-hyperplasiques de truites juvéniles soumises à un jeûne prolongé (FJT) ou de truites adultes (AT). Nous avons observé un fort taux de prolifération des cellules satellites au sein du muscle hyperplasique comparé au muscle non-hyperplasique.L’analyse du transcriptome montre que les gènes surexprimés dans les précurseurs du muscle hyperplasique (JT) sont principalement impliqués dans l'activité mitochondriale, le cycle cellulaire et la différenciation myogénique. L’analyse du miRnome a mis en évidence des miRNA surexprimés chez les JT dont les cibles potentielles régulent la prolifération ou la différenciation. En accord avec ces résultats, les précurseurs myogéniques JT présentent in vitro des capacités de prolifération et de différenciation plus élevées que les précurseurs myogéniques FJT et AT. L’ensemble de nos résultats montrent que les précurseurs myogéniques extraits de muscle en croissance hyperplasique présentent, de par les expressions géniques dont ils sont le siège et leur comportement in vitro, de plus grandes capacités intrins
HAL - UPEC / UPEM; H... arrow_drop_down HAL - UPEC / UPEM; HAL-Inserm; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::dd530f9972aebf346555b0b1bcbec322&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert HAL - UPEC / UPEM; H... arrow_drop_down HAL - UPEC / UPEM; HAL-Inserm; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::dd530f9972aebf346555b0b1bcbec322&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis , Thesis 2015 France French Funded by:EC | ARRAINAEC| ARRAINAAuthors: Belghit, Khadidja Ikram;Belghit, Khadidja Ikram;Très peu de données sont aujourd’hui disponibles sur le rôle des nutriments et de leurs interactions in vivo dans la régulation de l’autophagie. L'objectif principal de cette thèse était donc d’étudier l’effet de la qualité nutritionnelle de l’aliment sur le contrôle de cette fonction cellulaire. Une première étude a permis de montrer que les différents ratios en protéines et en glucides influencent significativement les mécanismes de contrôle de l’autophagie dans le muscle de truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Ces résultats ont été renforcés par une étude sur culture primaire de myoblaste de truite montrant que l’addition d’acides aminés dans le milieu de culture inhibe l’autophagie alors que le glucose à un effet inverse (article 1). Une seconde étude a porté sur la fraction protéique de l’aliment et notamment sur la teneur en méthionine, dont le niveau est trop faible dans les aliments pour poissons à base de végétaux. Les résultats obtenus indiquent que la machinerie autophagosomale mais également les principaux facteurs du renouvellement des protéines musculaires sont sensible aux variations de la teneur en méthionine de l’aliment et que la réponse qui en résulte peut fortement affecter la croissance (article 2). L’ensemble des données obtenues dans les deux premières études reposaient sur la mesure du taux d’un marqueur de l’autophagie (LC3-II) qui est à la fois produite et dégradée au cours du processus (flux) autophagique. Ainsi, dans l’optique de préciser les résultats obtenus dans les deux premiers articles, une troisième étude a été effectuée afin de déterminer s’il est possible de bloquer le flux autophagique dans le muscle de truite par l’emploi de différents agents pharmacologiques (inhibiteurs du flux autophagique). Il s’agissait également de déterminer les limites de l’utilisation de tels inhibiteurs chez cette espèce. Les essais effectués n’ont pas permis de mesurer le flux autophagique dans le muscle. En revanche, l’injection intrapéritonéale de colchicine a bien bloqué le flux autophagique dans le foie, ouvrant ainsi un nouveau champ d’investigations sur le rôle de l’autophagie dans le métabolisme intermédiaire. En conclusion, l’ensemble de ces travaux montre que l’autophagie n’est pas uniquement sensible à l’état nutritionnel (jeûne/nourris) mais également à la nature des aliments consommés. Outre leurs intérêts agronomique et thérapeutique, ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour une meilleure compréhension des mécanismes d’action de l’autophagie au niveau cellulaire et métabolique mais également de son rôle dans l’adaptation des espèces au cours l’évolution Few data has been published on the role of nutrients and their interactions in vivo in the regulation of autophagy. The main objective of this thesis was therefore to characterize the response of the autophagic/lysosomal pathway to the macronutrients composition of the diets. The first study showed that different ratio of proteins and carbohydrates in the diet significantly affect the controls of autophagy in the muscle of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). These results were strengthened by study on primary culture of trout myoblasts showing that the addition of amino acids in cell culture medium inhibited the formation of autophagosomes, whereas the addition of glucose had an opposite effect (paper 1). A second study focused on the protein fraction of the diet and specifically on the content of methionine, whose the levels are low in fish feed plant-based diets. The obtained results showed that both autophagy machinery and the main factors of muscle protein turnover are significantly sensitive to change in dietary methionine levels and the resulting response may strongly affect growth and feed utilization (paper 2). The data obtained in these two first studies were based on measuring the level of autophagy marker (LC3-II), which is both produced and degraded during autophagic (flux) process. Thus, in view to clarify the results obtained in the two first studies, we conducted a third study to determine whether it is possible to block the autophagic flux in trout muscle by using different lysosomotropic agents (autophagic flux inhibitors). The objective was also to determine the limits of autophagic flux inhibitors utilisation in vivo. Different tests failed to measure autophagic flux in the muscle of rainbow trout. In contrast, intraperitoneal injection of colchicine blocked the autophagic flux in the liver. This study allowed us to investigate the function of autophagy in the intermediary metabolism. In conclusion, these studies show that autophagy is not only sensitive to the nutritional status (fasting/fed) but also to the nature of the consumed diets. In addition to their therapeutic and agricultural interests, these results open new perspectives to better understand the mechanisms of autophagy at metabolic and cellular level but also its role in the adaptation of species during evolution.
All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______1582::930824ddf5fffa637adad8a56fec3d78&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______1582::930824ddf5fffa637adad8a56fec3d78&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2014 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Cruaud, Perrine;Cruaud, Perrine;Whereas the deep-sea environment is often considered to be a desert, hydrothermal vents andcold seeps provide “oases” of biological activity on the ocean floor. Vent and seep ecosystems support complex food webs based on microbial chemoautotrophic primary production. These hydrothermal vent and cold seeps ecosystems both release hydrocarbon- and sulfide-rich fluids,fueling various surface assemblages such as mat-forming giant bacteria or symbiont-bearinginvertebrates (e.g. bivalves, tubeworms). In the Guaymas Basin, the nearby presence at a few tens of kilometers of cold seeps and hydrothermal vents coupled with comparable sedimentary settings and depths offer a unique opportunity to assess and compare the microbial community composition of these ecosystems. Tobetter understand their overall functioning, we studied sedimentary microbial communities associated with cold seep and hydrothermal vent areas in the Guaymas Basin. The diversity of microbial communities inhabiting sediments was studied using high throughput sequencing (454pyrosequencing), combined with complementary approaches, such as FISH and quantitative PCR. This study reveals that sediments found in the Guaymas Basin were colonized by microbial communities typically found in these types of ecosystems. Our results revealed a high similarity between microbial communities composition associated with the cold seep and hydrothermal vent areas as a probable consequence of the sedimentary context. Nonetheless, thermophilic and hyperthermophilic lineages (e.g.: Thermodesulfobacteria, Desulfurococcales, etc) were exclusively identified in hydrothermally influenced sediments highlighting the strong influence of temperature gradients and other hydrothermally-related factors on microbial community composition. Furthermore, sediments populated by different surface assemblages show distinct porewater geochemistry features and are associated with distinct microbial communities. Indeed, in the sediments underlying microbial mats characterized by high methane porewater concentrations,microbial communities were dominated by anaerobic methane oxidizers (ANME), known to produce sulfide which provides high fluxes of sulfide to the seafloor. In contrast, sediment associated microbial communities underlying faunal assemblages were characterized by a lower biomass and lower methane porewater concentrations in sediments, limiting porewater sulfide concentrations. Without elevated and toxic sulfide concentrations, faunal assemblages can colonize the surface. Together, geochemical and microbial surveys indicate that porewater methane concentrations play an important role in the microbial community structure and subsequently in the establishment of the surface colonizers. Furthermore, presence and activity of the surface colonizers influence the underlying microbial communities probably because of modification of energy source availabilities. Finally, the existence of similar microbial populations between the two ecosystems also raises the question of their dispersal mechanisms. Our results support the hypothesis of a potential continuity among deep-sea ecosystems. In absence of physical borders, environmental conditions (temperature, specific compounds associated withhydrothermal fluids) might select specific and highly adapted microorganisms from the pool of microorganisms dispersed globally across the seafloor.; Au niveau des fonds océaniques, souvent considérés comme des déserts aux conditions de vie extrêmes, des oasis luxuriants de vie existent pourtant. Les sources hydrothermales et les suintements froids, principalement localisés au niveau des dorsales océaniques et des marges continentales, vont permettre le développement de communautés microbiennes et animales très particulières. Le Bassin de Guaymas, situé dans le Golfe de Californie (Mexique) présente la particularité de regrouper à la fois une zone de sources hydrothermales et une zone de suintements froids, situées à une soixantaine de kilomètres l’une de l’autre, et toutes deux recouvertes par une épaisse couche sédimentaire. Ces deux zones sont également colonisées par des étendues de bivalves, des buissons de vers tubicoles ainsi que de tapis microbiens blancs ou colorés comparables. Afin de mieux comprendre le fonctionnement global de ces deux types d’écosystèmes et notamment le rôle structurant des communautés microbiennes sédimentaires sur la répartition des différents assemblages de surface, les travaux entrepris dans cette thèse se proposaient d’étudier les communautés microbiennes sédimentaires associés à la zone de suintements froids (Marge de Sonora) et la zone de sources hydrothermales (Southern Trough) du Bassin de Guaymas. Pour cela, la diversité des communautés microbiennes (Bacteria et Archaea) de différents habitats caractérisés par une faune et des profils géochimiques particuliers, a été étudiée grâce à l’utilisation d’une technique de séquençage haut-débit, le pyroséquençage par la technique du 454, combinée à d’autres techniques comme le FISH ou la PCR quantitative. Cette étude a permis de déterminer que la structure et la diversité des communautés microbiennes dans ces sédiments étaient très spécifiques de ces environnements. Par ailleurs, les colonisateurs présents en surface des sédiments reflétaient des profils géochimiques et des communautés microbiennes très différentes au sein des sédiments. Dans les sédiments colonisés par les tapis microbiens, riches en méthane, les communautés microbiennes dominantes (ANME, Deltaproteobacteria…) utiliseraient notamment les émissions de méthane des couches sédimentaires profondes et produiraient d'importantes concentrations de sulfures, nécessaires à l’installation des communautés microbiennes thiotrophes de surface formant les tapis. Ces fortes concentrations en sulfure excluraient en revanche les communautés animales de ce périmètre. A contrario, dans les sédiments présentant de faibles concentrations en méthane et en sulfure, permettant l'installation d’assemblages faunistiques variés, les communautés microbiennes méthanotrophes anaérobies et productrices de sulfure étaient minoritaires. L'activité et le métabolisme de ces colonisateurs de surface pourraient par ailleurs permettre le développement des lignées microbiennes détectées dans ces habitats (MBG-D, Chloroflexi…). L'analyse des larges jeux de données obtenus au cours de cette étude nous a donc permis de mettre en évidence un système dynamique complexe fonctionnant en équilibre entre les communautés microbiennes sédimentaires, les organismes colonisant la surface du sédiment et la composition géochimique des eaux interstitielles.
Hal-Diderot arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2014All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::a389f1127435bbfa1e29629c4accb340&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Hal-Diderot arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2014All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::a389f1127435bbfa1e29629c4accb340&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2018 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: JAGOT, Sabrina;JAGOT, Sabrina;The dramatic increase in myotomal muscle mass in fish is related to their unique ability to lastingly produce new muscle fibres, a process termed hyperplasia. In this study, we aimed to characterize intrinsic properties of myogenic cells originating from hyperplasic fish muscle. For this purpose, we compared in situ proliferation, in vitro cell behavior and transcriptomes (RNAs and miRNAs) of myogenic precursors from hyperplasic muscle of juvenile trout (JT) and from non-hyperplastic muscle of fasted juvenile trout (FJT) and adult trout (AT). We showed an higher proliferation rate of trout satellite cells in vivo in hyperplastic muscle compared to non-hyperplastic muscle. Functional categories related to mitochondrial activity, cell cycle and myogenic differentiation were inferred from genes up regulated in JT myogenic cells compared to AT and FJT myogenic cells. We found also an enrichment in genes involved in Notch signaling pathway, indicating a repression of quiescency markers in JT myogenic cells compared to AT and FJT. Moreover, the miRnome analysis also revealed overexpressed miRNAs in JT whose targets may regulate the proliferation and the differentiation of myogenic precursors. In line with our results, JT myogenic precursors displayed in vitro higher proliferation and differentiation capacities than FJT and AT myogenic precursors. On the whole, our results converge to support the view that myogenic cells extracted from hyperplastic muscle of juvenile trout are intrinsically more potent to form myofibres than myogenic cells extracted from non-hyperplasic muscle.; La remarquable capacité de croissance musculaire des poissons est liée notamment à leur capacité à produire durablement de nouvelles fibres (hyperplasie). Dans cette étude, nous avons cherché à caractériser au niveau cellulaire et moléculaire les propriétés intrinsèques, des cellules myogéniques issues du muscle hyperplasique du poisson. Dans ce but, nous avons comparé la prolifération in situ, le comportement in vitro, et les transcriptomes (ARN messagers et microARNs) de précurseurs myogéniques musculaires extraits de muscle hyperplasique de truites juvéniles (JT) et de muscles non-hyperplasiques de truites juvéniles soumises à un jeun prolongé (FJT) ou de truites adultes (AT). Nous avons observé un fort taux de prolifération des cellules satellites au sein du muscle hyperplasique comparé au muscle non-hyperplasique. Des catégories fonctionnelles liées à l'activité mitochondriale, au cycle cellulaire et à la différenciation myogénique ont été déduites des gènes surexprimés dans les précurseurs JT par rapport aux précurseurs AT et FJT. En outre, nous avons identifié des gènes impliqués dans la voie Notch sous exprimés chez les JT indiquant une répression des marqueurs de quiescence. L’analyse du miRnome à permis également de mettre en évidence des miRNA surexprimés chez les JT dont les cibles peuvent réguler la prolifération ou la différenciation des précurseurs myogéniques. En accord avec ces résultats, les précurseurs myogéniques JT présentaient in vitro des capacités de prolifération et de différenciation plus élevées que les précurseurs myogéniques FJT et AT. L’ensemble de nos résultats montrent que les précurseurs myogéniques extraits de muscle en croissance hyperplasique présentent de plus grandes capacités intrinsèques à former des myofibres comparés aux précurseurs myogéniques extraits de muscle non hyperplasique.
All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::6e27e29789b8a5f0a8b8c5089a172ee1&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::6e27e29789b8a5f0a8b8c5089a172ee1&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2013 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Martin, Adrien;Martin, Adrien;A renewal of interest for the radiometric L-band (21 cm) sea surface salinity (SSS) remote sensing appeared in the 1990s and led to the launch of the space missions SMOS (November 2009) and Aquarius (June 2011). However, due to the low signal to noise ratio, retrieving SSS from L-band radiometry is very challenging. This work focuses on the study of the L-band radiometric signature of the ocean surface properties (especially SSS and roughness), using measurements from the CAROLS airborne L-band radiometer. These measurements were acquired in the Bay of Biscay in 2009 and 2010. A first study shows that SSS derived from CAROLS radiometer measurements was accurate to better than 0.3 pss in an area of high spatial and temporal variability with a higher accuracy than coastal numerical models. The second study which combines passive (CAROLS) and active (C-band scatterometer STORM) measurements, shows the improvement of the new satellite roughness models compared to pre-launch models. In addition, the study shows the importance of taking into account the medium and large roughness scales (> 20 cm) for the interpretation of radiometric measurements far from the nadir.; Un regain d'intérêt pour la télédétection de la salinité de surface de l'océan (SSS) par radiométrie en bande-L (21cm) est apparu dans les années 1990 et a conduit au lancement des missions spatiales SMOS (nov. 2009) et Aquarius (juin 2011). Cependant, en raison du faible rapport signal sur bruit, l'inversion de la SSS à partir des mesures radiométriques en bande-L est très difficile. Ce travail porte sur l'étude de la signature radiométrique en bande-L des propriétés de la surface de l'océan (en particulier SSS et rugosité) à partir des mesures du radiomètre aéroporté en bande-L CAROLS, acquises dans le golfe de Gascogne en 2009 et 2010. Une première étude a montré que la SSS déduite des mesures du radiomètre CAROLS était précise à mieux que 0.3 pss dans une zone de forte variabilité spatio-temporelle avec une meilleure précision que les modèles océanographiques côtiers. La seconde étude qui combine les mesures passives (CAROLS) et active (diffusiomètre en bande-C STORM) a mis en évidence l'amélioration des nouveaux modèles de rugosité par rapport aux modèles pré-lancement satellitaires. Par ailleurs, l'étude a montré l'importance de la prise en compte des moyennes et grandes échelles de rugosité (> 20 cm) pour l'interprétation des mesures radiomé- triques loin du nadir.
All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::7b8555a554290216b24d4254da88e7c4&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::7b8555a554290216b24d4254da88e7c4&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2015 France FrenchPublisher:HAL CCSD Funded by:EC | PERSEUSEC| PERSEUSAuthors: Damien, Pierre;Damien, Pierre;The North Western Mediterranean Sea is one of the few regions in the world where open-ocean deep convection occurs. The local cyclonic circulation brings weakly stratified waters close to the surface, that can, under special atmospheric conditions (winter strong cold winds and high heat loss rates), lead to vertical diapycnal mixing. This convection phenomenon is the origin of newly formed winter waters: Winter Intermediate Water (WIW) and new Western Mediterranean Deep Waters (nWMDW). When the strong forcing stops, the restratification of the mixed patch occurs by lateral advection of surrounding lighter waters. Mesoscale and submesoscale structures play an important role during these events, both by the sinking and the spreading of the new water formed.The SYMPHONIE model was implemented at 1km resolution over the north-western Mediterranean where recent convective years were simulated. The first objective was to review the capabilities of the high resolution model to reproduce the oceanic response to strong atmospheric cooling in terms of water formation and to resolve the submesoscale structures. To do so, comparisons were performed with the available data set.The activity of the small scale structures and the role they played were highlighted in a context of winter mixed layer deepening. The ageostrophic dynamic developed by submesoscale contributes to the enhancement of vertical velocities and lateral dispersion of properties leading to a global increase of surface layer density. As a consequence, the dense water formation and the ventilation of the deep basin is favored.For the first time, the formation of Submesoscale Coherent Vortices (SCVs) during deep convection events was documented in a realistic high resolution numerical simulation of the oceanic circulation in the north-western Mediterranean Sea. Anticyclonic and cyclonic eddies were formed presenting lifetimes exceeding one year and reflecting very slow diffusive processes between their core and their surroundings. These eddies were typical of SCVs observed in deep convection areas so far, which were found to participate in the spreading of a significant proportion (30%) of the newly formed waters and were of much importance for the ventilation of the deep basin.; La mer Méditerranée Nord occidentale est une des rares régions dans le monde où le phénomène de convection profonde se produit au large. La circulation cyclonique locale amène des eaux faiblement stratifiées à la surface et peut, sous certaines conditions atmosphériques hivernales spécifiques à la région (vents froids venant du nord et induisant des pertes de chaleur intenses à la surface de l'océan), mener à un mélange vertical diapycnal. Le phénomène de convection est à l'origine des eaux qui se forment en hiver: la WIW (Winter Intermediate Water) et les nWMDW (new Western Mediterranean Deep Waters). Quand les forçages atmosphériques diminuent en intensité, la restratification de la zone mélangée commence par l'advection d'eaux légères environnantes. Des structures de mésoéchelle et de submésoéchelle jouent un rôle important pendant ces évènements à la fois par l'approfondissement de la couche de mélange et l'export des eaux nouvellement formées.Le modèle SYMPHONIE a été implémenté avec une résolution de 1km sur le bassin nord occidental et les évènements de convection des hivers récents ont été simulés. Le premier objectif a été de vérifier la capacité du modèle à haute résolution à reproduire la réponse océanique aux forçages atmosphériques en terme de formation de masses d'eau et de représentation des structures de submésoéchelle. Cette validation a été réalisée par comparaisons avec un jeu de données disponibles et issues de l'observation. L'activité des petites échelles et le rôle qu'elles jouent dans un contexte d'approfondissement de la couche de mélange en hiver ont été soulignés. La dynamique agéostrophique qu'elles développent par la submésoéchelle contribue à une augmentation des vitesses verticales et de la diffusion latérale des propriétés de l'océan induisant une plus forte densification globale de la couche de mélange. Comme conséquences, la formation d'eaux denses ainsi que la ventilation des eaux profondes du bassin est favorisée.Pour la première fois, la formation de SCVs (Submesoscale Coherent Vortices) suite à un évènement de convection profonde a été modélisée en Méditérranée Nord-Occidentale en utilisant un modèle numérique à haute résolution dans un contexte réaliste. Des structures tourbillonnaires cycloniques et anticycloniques se forment à la frontière de la zone de mélange et présentent des temps de vie parfois supérieurs à une année reflètant de très lents processus de diffusion entre leur coeur et les eaux environnantes. Ces tourbillons sont typiques des SCVs observés jusqu'à présent dans les zones de convection profonde, participent dans une proportion importante (30%) à l'export des eaux nouvellement formées et jouent un rôle considérable dans la ventilation des eaux profondes du bassin.
Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication; HAL-IRDDoctoral thesis . 2015All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::74fb6205dfb7cf8da1114c8aa427f056&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication; HAL-IRDDoctoral thesis . 2015All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::74fb6205dfb7cf8da1114c8aa427f056&type=result"></script>'); --> </script>
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description Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis , Other literature type 2013 France EnglishPublisher:HAL CCSD Authors: Dumont, Sarah, Baccouche;Dumont, Sarah, Baccouche;Le rhabdomyosarcome de l'adulte est une tumeur rare au pronostic. Le présent travail propose d'étudier les caractéristiques cliniques et moléculaires et la prise en charge des adolescents et adultes atteints de rhabdomyosarcome ainsi que la possibilité de combinaison de thérapie ciblées sur lignées cellulaires in vitro. Nous avons anamysé rétrospectivement 239 patients âgés de 10 ans ou plus, atteints de rhabdomyosarcome au MD Anderson Cancer Center entre 1957 et 2003 et leur statut fusionnel pour PAX-FOXO1 par hybridation in situ en fluorescence. Trois lignées cellulaire de sarcome à petites cellules ont été soumises à des combinaisons de thérapies ciblées avec analyse de la viabilité. Les patients de plus de 50 ans avaient une survie globale à 5 ans de 13 % (médiane de survi à 1.7 ans) en dépit d'une maladie localisée. Approximativement 13 % des patients métastasiques de moins de 50 ans ont eu une survie prolongée de plus de 15 ans. L'utilisation d'une stratégie thérapeutique triple, intégrant chirurgie, chimiothérapie et radiothérapie était signifcativement associée à une survie prolongée. Auniveau molécualire, la présence du transcrit de fusio PAX3/7-FOXO1 était significativement liée à un risque accru de maladie métastatique. L'étude in vitro de thérapies ciblées a permis d'identifier la combinaison du vorinostat plus le 17DMAG associée à la doxorubicine comme ayant une meilleure efficacité. La prise en charge du rhabdomyosarcome de l'adolescent et de l'adulte semble souffrir d'une approche moins agressive comparée au rhabdomyosarcome pédiatrique. De plus, des combianaisons de thérapies ciblées peuvent être intégrées aux protocoles de chimiothérapies standards. Rhabdomyosarcoma is a rare entity adult patient with unfavourable outcome. This work describes the clinical and molecular specificities of adolescent and adult type of rhabdomyosarcoma and investigates the optimal integration of targetd therapy combinations on small cell sarcoma cell lines in vitro. We retrospectively analyzed 239 patients, 10 years of age and greater, diagonsed withrhabdomyosarcoma at MD Anderson Cancer Center from 1957 trough 2003 and their PAX-FOXO1 fusion gene status by fluorescence in situ hybridization on tissues microarray. Three samll cell sarcoma cell lines were exposed to targetd agent combinations. PAtient with metastatic rhabdomyosarcoma were found to have a 18 % survival rate at 5 years from diagnosis with an 12 %survival past 15 years. This outcome was even poorer for patients over 50 of age, even with localized disease. Younger patients were more likely to receive multidisciplinary therapy than their older counterparts. The presence of PAX-FOXO1 tranlocation was significantly associated with a higher frequency of metastatic disease. The four agents with the exception of abacavir synergized two by two with each other in vitro but the triple combinations did not perform beter than the bitherapies. The dual therapies vorinostat 5HDAC inhibitor) plus 17-DMAG (Hsp90 inhibitor) added with doxorubicin achvied better results than dual or triple therapies. Adult patient with rhabdomyosarcoma present similar molecular and clinical characteristics compared pediatric patients but outcome decrease with age partly du to a less multimodal management. Moreover targeted combinations should be integrated to chemotherapy backbone.
Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::2f7487aaea5c41b1bf23cb1eacccfae2&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::2f7487aaea5c41b1bf23cb1eacccfae2&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis , Other literature type 2018 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Leborne, Francois;Leborne, Francois;Dans le cadre de la collecte sous-marine d'échantillons biologiques et minéraux pour la recherche scientifique par un robot sous-marin équipé de bras manipulateurs, ce projet de thèse a pour but principal le développement de nouvelles techniques de manipulation des échantillons, plus fiables, permettant d'en assurer l'intégrité physique et leur exploitabilité par les chercheurs. Les nouvelles techniques de manipulation proposées prennent en compte l'actionnement particulier des nouveaux bras électriques sous-marins équipant les engins récents, afin d'augmenter la précision du positionnement des outils embarqués par le manipulateur. Un outil amovible, compliant, et mesurant les efforts d'interaction entre les bras du sous-marin et leur environnement est aussi proposé, et des méthodes permettant de tirer partie des caractéristiques de cet outil sont développées et testées expérimentalement. L'engin sous-marin hybride HROV Ariane, équipé de deux bras électriques hétérogènes, offre la plateforme opérationnelle pour la validation expérimentale des solutions proposées. The research carried out in the scope of this doctorate degree aims to develop innovative techniques to improve the collection of biological and mineral samples underwater using robotic manipulators. The end goal is to enhance the handling by robotic means in order to maximise sample quality provided to marine scientists. The proposed techniques are based on an in-depth analysis of the robotic arm actuators used in most recent underwater intervention vehicles, in order to improve the accuracy of the positionning of the tools held by the manipulator arms. An instrumented tool has also been developed with the aim to measure the reaction forces and adapt the interaction between the arm's end-effector and its environment to improve samples handling. These methods and the other contributions described in this thesis have been experimentally validated using Ifremer's hybrid-ROV Ariane equipped with two electrically actuated heterogeneous robotic arms.
ArchiMer - Instituti... arrow_drop_down ArchiMer - Institutional Archive of IfremerOther literature type . 2018Data sources: ArchiMer - Institutional Archive of IfremerMémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_________7::ee074a2b5319443bf7212513abcffcda&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert ArchiMer - Instituti... arrow_drop_down ArchiMer - Institutional Archive of IfremerOther literature type . 2018Data sources: ArchiMer - Institutional Archive of IfremerMémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_________7::ee074a2b5319443bf7212513abcffcda&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2016 France EnglishPublisher:HAL CCSD Funded by:TARA | Tara OceansTARA| Tara OceansAuthors: Vincent, Flora;Vincent, Flora;Diatoms are unicellular photosynthetic microeukaryotes that play a critical role in the functioning of marine ecosystems. They are responsible for 20% of global photosynthesis on Earth and lie at the base of marine food webs, ever more threatened by climate change.Diatoms establish microbial interactions with numerous organisms across the whole tree of life, through complex mechanisms including symbiosis, parasitism and competition. The goal of my thesis was to understand how those biotic interactions structure the planktonic community at large spatial scales, by using new approaches based on the unprecedented Tara Oceans dataset, a unique and worldwide circumnavigation that collected over 40.000 samples across 210 sites to explore the diversity and functions of marine microbes. Through the analysis of microbial association networks, I show that diatoms act as repulsive segregators in the ocean, in particular towards potentially harmful organisms such as predators as well as parasites, and that species co-occurrence is driven by environmental factors in a minority of cases. By leveraging the singularity of the Tara Oceans data, I provide a comprehensive characterization of a prevalent biotic interaction between a diatom and heterotrophic ciliates at large spatial scale, illustrating the success of data-driven research. Overall, my thesis contributes to our understanding of diatom biotic interactions, from the global patterns to the single cell.; Les diatomées sont des micro-algues unicellulaires, qui jouent un rôle primordial dans l’eco-système marin. En effet, elles sont responsables de 20% de l’activité photosynthétique sur Terre, et sont à la base de la chaîne alimentaire marine, toujours plus menacée par le changement climatique. Les diatomées établissent diverses interactions microbiennes avec des organismes issus de l’ensemble de l’arbre du vivant, à travers des méchanismes complexes tels que la symbiose, le parasitisme ou la compétition. L’objectif de ma thèse a été de comprendre comment ces interactions structurent la communauté du plancton, à grande échelle spatiale. Pour ce faire, j’ai développé de nouvelles approches basées sur le jeu de données inédit de Tara Océans, une expédition mondiale qui a exploré la diversité et les fonctions des microbes marins, en récoltant plus de 40.000 échantillons à travers 210 sites autour du monde. Grâce à l’analyse de réseaux de co-occurrence microbiens, je montre d’une part que les diatomées agissent comme des « ségrégateurs répulsifs » à l’échelle globale, en particulier envers les organismes potentiellement dangeureux tels que les prédateurs et les parasites, et d’autre part que la co-occurrence des espèces ne s’explique qu’en minorité par les facteurs environnementaux. Grâce à la richesse des données Tara Océans, j’ai par ailleurs permis la charactérisation d’une interaction biotique impliquant une diatomée et un cilié hétérotrophe à l’échelle de l’eco-système, illustrant de surcroît le succès des approches dirigées par les données. Dans l’ensemble, ma thèse contribue à notre compréhension des interactions biotiques impliquant les diatomées, de l’échelle globale à la cellule unique.
Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2016All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_______212::5d4b6bc0a85665b8a5ce709b813f650c&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2016All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od_______212::5d4b6bc0a85665b8a5ce709b813f650c&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2013 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Yossundara, Anunya;Yossundara, Anunya;Corollaire naturel de l'autorisation parlementaire, le contrôle des finances publiques est un élément indissociable de la démocratie. Aujourd'hui, le contrôle des finances publiques est appelé à se renouveler en raison des mutations profondes enclenchées par l'introduction de la logique de gestion. De nouvelles exigences, qui sont des prolongements de cette logique de gestion et de la recherche de la performance, font leur apparition dans ce monde du contrôle longtemps dominé par la seule préoccupation du respect de la régularité de l'exécution budgétaire. Les contrôles se sont diversifiés dans leurs formes et leurs objets, en adoptant des techniques issues du secteur privé, considéré souvent comme un modèle de la performance. Cette évolution s'inscrit dans un contexte institutionnel propre à la Thaïlande, marqué par la fragilité particulière du régime parlementaire. En conséquence, le contrôle interne connaît des évolutions importantes tandis que les organes de contrôle externe, à savoir, l'institution supérieure de contrôle et le Parlement, peinent à s'adapter face aux nouveaux enjeux des finances publiques. Néanmoins, il ne faut pas perdre de vue que toutes ces mutations ont lieu dans le cadre de nos sociétés fondée sur des principes démocratiques. Il est indispensable de concilier le politique et la gestion car les nouvelles techniques de contrôle n'ont pas lieu de remplacer l'organe de contrôle et de décision principal qu'est le Parlement mais elles ont pour objectif d'éclairer le politique. Il convient ainsi de proposer des préconisations afin de revaloriser le contrôle externe et d'améliorer, par là même, l'efficacité du contrôle des finances publiques. Corollary of the principle of budget approval by the Parliament; the control of public money is an inseparable element of democracy. As a result of important transformations induced by the introduction of business management concept in the public sector, the public financial control system is required to be renewed. This system hence needs to consider new requirements in relation to new public management and the pursuit of performance in public sector. The public financial control mechanisms have diversified both in their forms and their contents. The tendency is to adopt the techniques used in the private sector generally considered as a model of performance management. These changes take place in a particular institutional context of Thailand which has been deeply affected by the instability of Parliamentary system. In consequence, the internal control system has learnt an important modernization concerning financial and budgetary control. Meanwhile, the organs in charge of external control, the Supreme Audit Institution and the Parliament, struggled to adapt to the new challenges of public finance. However, all of these transformations take place in our society, which is based on democratic principles. It is necessary to conciliate the politic and the management concepts because the new control techniques are not designed to replace the principal control and decisional organ, the Parliament, but these techniques are designed to inform the political organ. It is vital to propose potential solutions to strengthen the external control and, by that means, increase the efficiency of the public financial control.
Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Hyper Article en Ligne; Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationOther literature type . Doctoral thesis . 2013Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::40d5fd77ab3f234361622f0fcc72b2a0&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Hyper Article en Lig... arrow_drop_down Hyper Article en Ligne; Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationOther literature type . Doctoral thesis . 2013Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2013All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=dedup_wf_002::40d5fd77ab3f234361622f0fcc72b2a0&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2018 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Jagot, Sabrina;Jagot, Sabrina;The dramatic increase in myotomal muscle mass in fish is related to their unique ability to lastingly produce new muscle fibres, a process termed hyperplasia. In this study, we aimed to characterize intrinsic properties of myogenic cells originating from hyperplasic fish muscle. For this purpose, we compared in situ proliferation, in vitro cell behavior and transcriptomes (RNAs and miRNAs) of myogenic precursors from hyperplasic muscle of juvenile trout (JT) and from non-hyperplastic muscle of fasted juvenile trout (FJT) and adult trout (AT). We showed an higher proliferation rate of trout satellite cells in vivo in hyperplastic muscle compared to non-hyperplastic muscle. Functional analysis of transcriptomics data showed, among the over-expressed genes in JT myogenic cells compared to AT and FJT, an enrichment in genes related to mitochondrial activity, cell cycle and myogenic differentiation.We found also an enrichment in genes involved in Notch signaling pathway, indicating a repression of quiescency markers in JT myogenic cells compared to AT and FJT. Moreover, the miRnome analysis also revealed overexpressed miRNAs in JT whose targets may regulate the proliferation and the differentiation of myogenic precursors. In line with our results, JT myogenic precursors displayed in vitro higher proliferation and differentiation capacities than FJT and AT myogenic precursors. On the whole, our results converge to support the view that myogenic cells extracted from hyperplastic muscle of juvenile trout are intrinsically more potent to form myofibres than myogenic cells extracte; La remarquable capacité de croissance musculaire des poissons est liée notamment à leur capacité à produire durablement de nouvelles fibres (hyperplasie). Nous avons cherché à caractériser au niveau cellulaire et moléculaire les propriétés intrinsèques des précurseurs myogéniques de muscle hyperplasique de la truite. Ainsi, nous avons comparé la prolifération in situ, le comportement in vitro, et les transcriptomes (ARN messagers et microARNs) de précurseurs myogéniques de muscle hyperplasique de truites juvéniles (JT) et de muscles non-hyperplasiques de truites juvéniles soumises à un jeûne prolongé (FJT) ou de truites adultes (AT). Nous avons observé un fort taux de prolifération des cellules satellites au sein du muscle hyperplasique comparé au muscle non-hyperplasique.L’analyse du transcriptome montre que les gènes surexprimés dans les précurseurs du muscle hyperplasique (JT) sont principalement impliqués dans l'activité mitochondriale, le cycle cellulaire et la différenciation myogénique. L’analyse du miRnome a mis en évidence des miRNA surexprimés chez les JT dont les cibles potentielles régulent la prolifération ou la différenciation. En accord avec ces résultats, les précurseurs myogéniques JT présentent in vitro des capacités de prolifération et de différenciation plus élevées que les précurseurs myogéniques FJT et AT. L’ensemble de nos résultats montrent que les précurseurs myogéniques extraits de muscle en croissance hyperplasique présentent, de par les expressions géniques dont ils sont le siège et leur comportement in vitro, de plus grandes capacités intrins
HAL - UPEC / UPEM; H... arrow_drop_down HAL - UPEC / UPEM; HAL-Inserm; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::dd530f9972aebf346555b0b1bcbec322&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert HAL - UPEC / UPEM; H... arrow_drop_down HAL - UPEC / UPEM; HAL-Inserm; Hal-DiderotDoctoral thesis . 2018All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::dd530f9972aebf346555b0b1bcbec322&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis , Thesis 2015 France French Funded by:EC | ARRAINAEC| ARRAINAAuthors: Belghit, Khadidja Ikram;Belghit, Khadidja Ikram;Très peu de données sont aujourd’hui disponibles sur le rôle des nutriments et de leurs interactions in vivo dans la régulation de l’autophagie. L'objectif principal de cette thèse était donc d’étudier l’effet de la qualité nutritionnelle de l’aliment sur le contrôle de cette fonction cellulaire. Une première étude a permis de montrer que les différents ratios en protéines et en glucides influencent significativement les mécanismes de contrôle de l’autophagie dans le muscle de truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Ces résultats ont été renforcés par une étude sur culture primaire de myoblaste de truite montrant que l’addition d’acides aminés dans le milieu de culture inhibe l’autophagie alors que le glucose à un effet inverse (article 1). Une seconde étude a porté sur la fraction protéique de l’aliment et notamment sur la teneur en méthionine, dont le niveau est trop faible dans les aliments pour poissons à base de végétaux. Les résultats obtenus indiquent que la machinerie autophagosomale mais également les principaux facteurs du renouvellement des protéines musculaires sont sensible aux variations de la teneur en méthionine de l’aliment et que la réponse qui en résulte peut fortement affecter la croissance (article 2). L’ensemble des données obtenues dans les deux premières études reposaient sur la mesure du taux d’un marqueur de l’autophagie (LC3-II) qui est à la fois produite et dégradée au cours du processus (flux) autophagique. Ainsi, dans l’optique de préciser les résultats obtenus dans les deux premiers articles, une troisième étude a été effectuée afin de déterminer s’il est possible de bloquer le flux autophagique dans le muscle de truite par l’emploi de différents agents pharmacologiques (inhibiteurs du flux autophagique). Il s’agissait également de déterminer les limites de l’utilisation de tels inhibiteurs chez cette espèce. Les essais effectués n’ont pas permis de mesurer le flux autophagique dans le muscle. En revanche, l’injection intrapéritonéale de colchicine a bien bloqué le flux autophagique dans le foie, ouvrant ainsi un nouveau champ d’investigations sur le rôle de l’autophagie dans le métabolisme intermédiaire. En conclusion, l’ensemble de ces travaux montre que l’autophagie n’est pas uniquement sensible à l’état nutritionnel (jeûne/nourris) mais également à la nature des aliments consommés. Outre leurs intérêts agronomique et thérapeutique, ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour une meilleure compréhension des mécanismes d’action de l’autophagie au niveau cellulaire et métabolique mais également de son rôle dans l’adaptation des espèces au cours l’évolution Few data has been published on the role of nutrients and their interactions in vivo in the regulation of autophagy. The main objective of this thesis was therefore to characterize the response of the autophagic/lysosomal pathway to the macronutrients composition of the diets. The first study showed that different ratio of proteins and carbohydrates in the diet significantly affect the controls of autophagy in the muscle of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). These results were strengthened by study on primary culture of trout myoblasts showing that the addition of amino acids in cell culture medium inhibited the formation of autophagosomes, whereas the addition of glucose had an opposite effect (paper 1). A second study focused on the protein fraction of the diet and specifically on the content of methionine, whose the levels are low in fish feed plant-based diets. The obtained results showed that both autophagy machinery and the main factors of muscle protein turnover are significantly sensitive to change in dietary methionine levels and the resulting response may strongly affect growth and feed utilization (paper 2). The data obtained in these two first studies were based on measuring the level of autophagy marker (LC3-II), which is both produced and degraded during autophagic (flux) process. Thus, in view to clarify the results obtained in the two first studies, we conducted a third study to determine whether it is possible to block the autophagic flux in trout muscle by using different lysosomotropic agents (autophagic flux inhibitors). The objective was also to determine the limits of autophagic flux inhibitors utilisation in vivo. Different tests failed to measure autophagic flux in the muscle of rainbow trout. In contrast, intraperitoneal injection of colchicine blocked the autophagic flux in the liver. This study allowed us to investigate the function of autophagy in the intermediary metabolism. In conclusion, these studies show that autophagy is not only sensitive to the nutritional status (fasting/fed) but also to the nature of the consumed diets. In addition to their therapeutic and agricultural interests, these results open new perspectives to better understand the mechanisms of autophagy at metabolic and cellular level but also its role in the adaptation of species during evolution.
All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______1582::930824ddf5fffa637adad8a56fec3d78&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______1582::930824ddf5fffa637adad8a56fec3d78&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2014 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Cruaud, Perrine;Cruaud, Perrine;Whereas the deep-sea environment is often considered to be a desert, hydrothermal vents andcold seeps provide “oases” of biological activity on the ocean floor. Vent and seep ecosystems support complex food webs based on microbial chemoautotrophic primary production. These hydrothermal vent and cold seeps ecosystems both release hydrocarbon- and sulfide-rich fluids,fueling various surface assemblages such as mat-forming giant bacteria or symbiont-bearinginvertebrates (e.g. bivalves, tubeworms). In the Guaymas Basin, the nearby presence at a few tens of kilometers of cold seeps and hydrothermal vents coupled with comparable sedimentary settings and depths offer a unique opportunity to assess and compare the microbial community composition of these ecosystems. Tobetter understand their overall functioning, we studied sedimentary microbial communities associated with cold seep and hydrothermal vent areas in the Guaymas Basin. The diversity of microbial communities inhabiting sediments was studied using high throughput sequencing (454pyrosequencing), combined with complementary approaches, such as FISH and quantitative PCR. This study reveals that sediments found in the Guaymas Basin were colonized by microbial communities typically found in these types of ecosystems. Our results revealed a high similarity between microbial communities composition associated with the cold seep and hydrothermal vent areas as a probable consequence of the sedimentary context. Nonetheless, thermophilic and hyperthermophilic lineages (e.g.: Thermodesulfobacteria, Desulfurococcales, etc) were exclusively identified in hydrothermally influenced sediments highlighting the strong influence of temperature gradients and other hydrothermally-related factors on microbial community composition. Furthermore, sediments populated by different surface assemblages show distinct porewater geochemistry features and are associated with distinct microbial communities. Indeed, in the sediments underlying microbial mats characterized by high methane porewater concentrations,microbial communities were dominated by anaerobic methane oxidizers (ANME), known to produce sulfide which provides high fluxes of sulfide to the seafloor. In contrast, sediment associated microbial communities underlying faunal assemblages were characterized by a lower biomass and lower methane porewater concentrations in sediments, limiting porewater sulfide concentrations. Without elevated and toxic sulfide concentrations, faunal assemblages can colonize the surface. Together, geochemical and microbial surveys indicate that porewater methane concentrations play an important role in the microbial community structure and subsequently in the establishment of the surface colonizers. Furthermore, presence and activity of the surface colonizers influence the underlying microbial communities probably because of modification of energy source availabilities. Finally, the existence of similar microbial populations between the two ecosystems also raises the question of their dispersal mechanisms. Our results support the hypothesis of a potential continuity among deep-sea ecosystems. In absence of physical borders, environmental conditions (temperature, specific compounds associated withhydrothermal fluids) might select specific and highly adapted microorganisms from the pool of microorganisms dispersed globally across the seafloor.; Au niveau des fonds océaniques, souvent considérés comme des déserts aux conditions de vie extrêmes, des oasis luxuriants de vie existent pourtant. Les sources hydrothermales et les suintements froids, principalement localisés au niveau des dorsales océaniques et des marges continentales, vont permettre le développement de communautés microbiennes et animales très particulières. Le Bassin de Guaymas, situé dans le Golfe de Californie (Mexique) présente la particularité de regrouper à la fois une zone de sources hydrothermales et une zone de suintements froids, situées à une soixantaine de kilomètres l’une de l’autre, et toutes deux recouvertes par une épaisse couche sédimentaire. Ces deux zones sont également colonisées par des étendues de bivalves, des buissons de vers tubicoles ainsi que de tapis microbiens blancs ou colorés comparables. Afin de mieux comprendre le fonctionnement global de ces deux types d’écosystèmes et notamment le rôle structurant des communautés microbiennes sédimentaires sur la répartition des différents assemblages de surface, les travaux entrepris dans cette thèse se proposaient d’étudier les communautés microbiennes sédimentaires associés à la zone de suintements froids (Marge de Sonora) et la zone de sources hydrothermales (Southern Trough) du Bassin de Guaymas. Pour cela, la diversité des communautés microbiennes (Bacteria et Archaea) de différents habitats caractérisés par une faune et des profils géochimiques particuliers, a été étudiée grâce à l’utilisation d’une technique de séquençage haut-débit, le pyroséquençage par la technique du 454, combinée à d’autres techniques comme le FISH ou la PCR quantitative. Cette étude a permis de déterminer que la structure et la diversité des communautés microbiennes dans ces sédiments étaient très spécifiques de ces environnements. Par ailleurs, les colonisateurs présents en surface des sédiments reflétaient des profils géochimiques et des communautés microbiennes très différentes au sein des sédiments. Dans les sédiments colonisés par les tapis microbiens, riches en méthane, les communautés microbiennes dominantes (ANME, Deltaproteobacteria…) utiliseraient notamment les émissions de méthane des couches sédimentaires profondes et produiraient d'importantes concentrations de sulfures, nécessaires à l’installation des communautés microbiennes thiotrophes de surface formant les tapis. Ces fortes concentrations en sulfure excluraient en revanche les communautés animales de ce périmètre. A contrario, dans les sédiments présentant de faibles concentrations en méthane et en sulfure, permettant l'installation d’assemblages faunistiques variés, les communautés microbiennes méthanotrophes anaérobies et productrices de sulfure étaient minoritaires. L'activité et le métabolisme de ces colonisateurs de surface pourraient par ailleurs permettre le développement des lignées microbiennes détectées dans ces habitats (MBG-D, Chloroflexi…). L'analyse des larges jeux de données obtenus au cours de cette étude nous a donc permis de mettre en évidence un système dynamique complexe fonctionnant en équilibre entre les communautés microbiennes sédimentaires, les organismes colonisant la surface du sédiment et la composition géochimique des eaux interstitielles.
Hal-Diderot arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2014All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::a389f1127435bbfa1e29629c4accb340&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert Hal-Diderot arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la CommunicationDoctoral thesis . 2014All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::a389f1127435bbfa1e29629c4accb340&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2018 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: JAGOT, Sabrina;JAGOT, Sabrina;The dramatic increase in myotomal muscle mass in fish is related to their unique ability to lastingly produce new muscle fibres, a process termed hyperplasia. In this study, we aimed to characterize intrinsic properties of myogenic cells originating from hyperplasic fish muscle. For this purpose, we compared in situ proliferation, in vitro cell behavior and transcriptomes (RNAs and miRNAs) of myogenic precursors from hyperplasic muscle of juvenile trout (JT) and from non-hyperplastic muscle of fasted juvenile trout (FJT) and adult trout (AT). We showed an higher proliferation rate of trout satellite cells in vivo in hyperplastic muscle compared to non-hyperplastic muscle. Functional categories related to mitochondrial activity, cell cycle and myogenic differentiation were inferred from genes up regulated in JT myogenic cells compared to AT and FJT myogenic cells. We found also an enrichment in genes involved in Notch signaling pathway, indicating a repression of quiescency markers in JT myogenic cells compared to AT and FJT. Moreover, the miRnome analysis also revealed overexpressed miRNAs in JT whose targets may regulate the proliferation and the differentiation of myogenic precursors. In line with our results, JT myogenic precursors displayed in vitro higher proliferation and differentiation capacities than FJT and AT myogenic precursors. On the whole, our results converge to support the view that myogenic cells extracted from hyperplastic muscle of juvenile trout are intrinsically more potent to form myofibres than myogenic cells extracted from non-hyperplasic muscle.; La remarquable capacité de croissance musculaire des poissons est liée notamment à leur capacité à produire durablement de nouvelles fibres (hyperplasie). Dans cette étude, nous avons cherché à caractériser au niveau cellulaire et moléculaire les propriétés intrinsèques, des cellules myogéniques issues du muscle hyperplasique du poisson. Dans ce but, nous avons comparé la prolifération in situ, le comportement in vitro, et les transcriptomes (ARN messagers et microARNs) de précurseurs myogéniques musculaires extraits de muscle hyperplasique de truites juvéniles (JT) et de muscles non-hyperplasiques de truites juvéniles soumises à un jeun prolongé (FJT) ou de truites adultes (AT). Nous avons observé un fort taux de prolifération des cellules satellites au sein du muscle hyperplasique comparé au muscle non-hyperplasique. Des catégories fonctionnelles liées à l'activité mitochondriale, au cycle cellulaire et à la différenciation myogénique ont été déduites des gènes surexprimés dans les précurseurs JT par rapport aux précurseurs AT et FJT. En outre, nous avons identifié des gènes impliqués dans la voie Notch sous exprimés chez les JT indiquant une répression des marqueurs de quiescence. L’analyse du miRnome à permis également de mettre en évidence des miRNA surexprimés chez les JT dont les cibles peuvent réguler la prolifération ou la différenciation des précurseurs myogéniques. En accord avec ces résultats, les précurseurs myogéniques JT présentaient in vitro des capacités de prolifération et de différenciation plus élevées que les précurseurs myogéniques FJT et AT. L’ensemble de nos résultats montrent que les précurseurs myogéniques extraits de muscle en croissance hyperplasique présentent de plus grandes capacités intrinsèques à former des myofibres comparés aux précurseurs myogéniques extraits de muscle non hyperplasique.
All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::6e27e29789b8a5f0a8b8c5089a172ee1&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::6e27e29789b8a5f0a8b8c5089a172ee1&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2013 France FrenchPublisher:HAL CCSD Authors: Martin, Adrien;Martin, Adrien;A renewal of interest for the radiometric L-band (21 cm) sea surface salinity (SSS) remote sensing appeared in the 1990s and led to the launch of the space missions SMOS (November 2009) and Aquarius (June 2011). However, due to the low signal to noise ratio, retrieving SSS from L-band radiometry is very challenging. This work focuses on the study of the L-band radiometric signature of the ocean surface properties (especially SSS and roughness), using measurements from the CAROLS airborne L-band radiometer. These measurements were acquired in the Bay of Biscay in 2009 and 2010. A first study shows that SSS derived from CAROLS radiometer measurements was accurate to better than 0.3 pss in an area of high spatial and temporal variability with a higher accuracy than coastal numerical models. The second study which combines passive (CAROLS) and active (C-band scatterometer STORM) measurements, shows the improvement of the new satellite roughness models compared to pre-launch models. In addition, the study shows the importance of taking into account the medium and large roughness scales (> 20 cm) for the interpretation of radiometric measurements far from the nadir.; Un regain d'intérêt pour la télédétection de la salinité de surface de l'océan (SSS) par radiométrie en bande-L (21cm) est apparu dans les années 1990 et a conduit au lancement des missions spatiales SMOS (nov. 2009) et Aquarius (juin 2011). Cependant, en raison du faible rapport signal sur bruit, l'inversion de la SSS à partir des mesures radiométriques en bande-L est très difficile. Ce travail porte sur l'étude de la signature radiométrique en bande-L des propriétés de la surface de l'océan (en particulier SSS et rugosité) à partir des mesures du radiomètre aéroporté en bande-L CAROLS, acquises dans le golfe de Gascogne en 2009 et 2010. Une première étude a montré que la SSS déduite des mesures du radiomètre CAROLS était précise à mieux que 0.3 pss dans une zone de forte variabilité spatio-temporelle avec une meilleure précision que les modèles océanographiques côtiers. La seconde étude qui combine les mesures passives (CAROLS) et active (diffusiomètre en bande-C STORM) a mis en évidence l'amélioration des nouveaux modèles de rugosité par rapport aux modèles pré-lancement satellitaires. Par ailleurs, l'étude a montré l'importance de la prise en compte des moyennes et grandes échelles de rugosité (> 20 cm) pour l'interprétation des mesures radiomé- triques loin du nadir.
All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::7b8555a554290216b24d4254da88e7c4&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eu0 citations 0 popularity Average influence Average impulse Average Powered by BIP!more_vert All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::7b8555a554290216b24d4254da88e7c4&type=result"></script>'); --> </script>
For further information contact us at helpdesk@openaire.eudescription Publicationkeyboard_double_arrow_right Doctoral thesis 2015 France FrenchPublisher:HAL CCSD Funded by:EC | PERSEUSEC| PERSEUSAuthors: Damien, Pierre;Damien, Pierre;The North Western Mediterranean Sea is one of the few regions in the world where open-ocean deep convection occurs. The local cyclonic circulation brings weakly stratified waters close to the surface, that can, under special atmospheric conditions (winter strong cold winds and high heat loss rates), lead to vertical diapycnal mixing. This convection phenomenon is the origin of newly formed winter waters: Winter Intermediate Water (WIW) and new Western Mediterranean Deep Waters (nWMDW). When the strong forcing stops, the restratification of the mixed patch occurs by lateral advection of surrounding lighter waters. Mesoscale and submesoscale structures play an important role during these events, both by the sinking and the spreading of the new water formed.The SYMPHONIE model was implemented at 1km resolution over the north-western Mediterranean where recent convective years were simulated. The first objective was to review the capabilities of the high resolution model to reproduce the oceanic response to strong atmospheric cooling in terms of water formation and to resolve the submesoscale structures. To do so, comparisons were performed with the available data set.The activity of the small scale structures and the role they played were highlighted in a context of winter mixed layer deepening. The ageostrophic dynamic developed by submesoscale contributes to the enhancement of vertical velocities and lateral dispersion of properties leading to a global increase of surface layer density. As a consequence, the dense water formation and the ventilation of the deep basin is favored.For the first time, the formation of Submesoscale Coherent Vortices (SCVs) during deep convection events was documented in a realistic high resolution numerical simulation of the oceanic circulation in the north-western Mediterranean Sea. Anticyclonic and cyclonic eddies were formed presenting lifetimes exceeding one year and reflecting very slow diffusive processes between their core and their surroundings. These eddies were typical of SCVs observed in deep convection areas so far, which were found to participate in the spreading of a significant proportion (30%) of the newly formed waters and were of much importance for the ventilation of the deep basin.; La mer Méditerranée Nord occidentale est une des rares régions dans le monde où le phénomène de convection profonde se produit au large. La circulation cyclonique locale amène des eaux faiblement stratifiées à la surface et peut, sous certaines conditions atmosphériques hivernales spécifiques à la région (vents froids venant du nord et induisant des pertes de chaleur intenses à la surface de l'océan), mener à un mélange vertical diapycnal. Le phénomène de convection est à l'origine des eaux qui se forment en hiver: la WIW (Winter Intermediate Water) et les nWMDW (new Western Mediterranean Deep Waters). Quand les forçages atmosphériques diminuent en intensité, la restratification de la zone mélangée commence par l'advection d'eaux légères environnantes. Des structures de mésoéchelle et de submésoéchelle jouent un rôle important pendant ces évènements à la fois par l'approfondissement de la couche de mélange et l'export des eaux nouvellement formées.Le modèle SYMPHONIE a été implémenté avec une résolution de 1km sur le bassin nord occidental et les évènements de convection des hivers récents ont été simulés. Le premier objectif a été de vérifier la capacité du modèle à haute résolution à reproduire la réponse océanique aux forçages atmosphériques en terme de formation de masses d'eau et de représentation des structures de submésoéchelle. Cette validation a été réalisée par comparaisons avec un jeu de données disponibles et issues de l'observation. L'activité des petites échelles et le rôle qu'elles jouent dans un contexte d'approfondissement de la couche de mélange en hiver ont été soulignés. La dynamique agéostrophique qu'elles développent par la submésoéchelle contribue à une augmentation des vitesses verticales et de la diffusion latérale des propriétés de l'océan induisant une plus forte densification globale de la couche de mélange. Comme conséquences, la formation d'eaux denses ainsi que la ventilation des eaux profondes du bassin est favorisée.Pour la première fois, la formation de SCVs (Submesoscale Coherent Vortices) suite à un évènement de convection profonde a été modélisée en Méditérranée Nord-Occidentale en utilisant un modèle numérique à haute résolution dans un contexte réaliste. Des structures tourbillonnaires cycloniques et anticycloniques se forment à la frontière de la zone de mélange et présentent des temps de vie parfois supérieurs à une année reflètant de très lents processus de diffusion entre leur coeur et les eaux environnantes. Ces tourbillons sont typiques des SCVs observés jusqu'à présent dans les zones de convection profonde, participent dans une proportion importante (30%) à l'export des eaux nouvellement formées et jouent un rôle considérable dans la ventilation des eaux profondes du bassin.
Mémoires en Sciences... arrow_drop_down Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication; HAL-IRDDoctoral thesis . 2015All Research productsarrow_drop_down <script type="text/javascript"> <!-- document.write('<div id="oa_widget"></div>'); document.write('<script type="text/javascript" src="https://www.openaire.eu/index.php?option=com_openaire&view=widget&format=raw&projectId=od______2592::74fb6205dfb7cf8da1114c8aa427f056&type=result"></script>'); --> </script>
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